В довершение учинённого высшими духовными лицами непотребства перепуганный маленький чтец вдруг признается, что согрешил ложью по принуждению, и Филипп тут же торжественно прощает и благословляет раскаявшегося лгуна, однако так и не дав благословения смиренно склонившему главу царю и великому князю. Возможно, Иоанна выручает искреннее отвращение к этой возмутительной мерзости, уж слишком богопротивной. Он овладевает собой и молча выходит из храма, едва ли в тот момент твёрдо зная, как именно должно ему поступить. Вряд ли что-нибудь заранее обдумывает и доведённый до белого каленья Филипп. Коса, как говорится, находит на камень. В качестве государя Иоанн не может спустить митрополиту, который поставил его в ложное положение, отказав в благословении в присутствии вельмож и простого народа, однако из благочестия он отказывается продолжать недостойную перепалку и в течение некоторого времени избегает встреч с остервенившимся архипастырем. Кажется, это молчаливое предложение перемирия должно бы образумить Филиппа, однако ему не хватает благоразумия, чтобы вовремя остановиться, разобраться, из-за чего разгорелся сыр-бор, и сообразить наконец, что чересчур далеко залетел в жар обличения царя и великого князя, виновного единственно в том, что сослал одного из Колычевых в Коломну. Вместо успокоения, вместо уступки и перемирия, вместо хотя бы слабой попытки несколько посмягчить слишком натянутые отношения с царём и великим князем он выжидает только предлога, чтобы преподнести государю ещё один жестокий урок унижения, лишь бы выставить напоказ, что духовная власть выше светской, что Богову надлежит отдавать больше, чем кесареву, и заодно спасти от заслуженного наказания своего преступного родственника, затаившегося в своих коломенских вотчинах в ожидании полной победы. Предлог, конечно, находится, долго ждать его не приходится. Первыми напоминают о себе составившие заговор епископы и архимандрит. Пимену слишком не терпится поскорее спихнуть с его места Филиппа и пробраться в митрополиты. Руководимые им заговорщики принимаются действовать, хоть и подло, однако, в отличие от Филиппа, умело.
В присутствии царя и великого князя они возмущаются безобразным поступком первосвященника, отказавшего в благословении государю, уверяют, что единственно суд, составленный из всех епископов, игуменов и архимандритов, может и должен положить конец такому неслыханному бесчинству позабывшего свой прямой долг духовного пастыря, и предлагают направить в Соловецкий монастырь представительное следствие, чтобы установить, была ли жизнь Филиппа такой же безнравственной, какой она оказалась нынче в Москве. Затем, для верности исполнения своих далёких от благообразия замыслов, заговорщики заходят и с другой стороны, а именно: в присутствии митрополита, нарочно толкая его на необдуманные поступки и обличения, те же лица возмущаются Иоанном, который, видите ли, замыслил судить Филиппа церковным судом, точно тот разбойник и тать, для чего отправляет следствие на Соловки, вероятно, надеясь, что слишком горячий, слишком упрямый, впавший в грех гордыни Филипп либо устроит царю и великому князю новую безобразную сцену, которая окончательно погубит его, либо, сообразив, какая гроза собирается на него, доброй волей очистит митрополичий престол, сообразуясь с народной мудростью: «Отойди от зла. Сотвори благо». Филипп же, упрямый и страстный, далёкий от мудрости, на эти речи отвечает непримиримо, воинственно, с недостойной гордыней:
— Вижу, что готовится мне кончина, но знаете ли, почему меня хотят изгнать отсюда и возбуждают против меня государя? Потому что не льстил я перед ними. Впрочем, что бы там ни было, не перестану говорить истину, да не тщетно ношу сан святительский.