Записавшись на церковно–историческое отделение, из древних языков он избрал для изучения латинский, из новых — английский; быстрыми успехами в английском языке изучавшие его тогда, по воспоминаниям самого В. В. Болотова, удивили лектора П. М. Нурока. Занятия восточными языками он продолжал в Академии в более широких размерах. Рассказывают, как он однажды в несколько минут написал по просьбе товарища эфиопский текст молитвы Господней с примечаниями о транскрипции и произношении.[377] Едва ли уже не к тому времени, хотя бы частью, относится ознакомление его с языками армянским, грузинским, турецким, мадьярским, о котором свидетельствуют сохранившиеся в его бумагах выписки из грамматик этих языков. Тогда уже, по–видимому, привлекала его внимание и метрология. Лекции профессоров он всегда, по–видимому, записывал, так что в случае утраты курсовых записей мог для товарищей восстановить к экзамену недостающее (так было однажды, по его рассказу, с затерянной лекцией М. И. Каринского об Анникерисе Киренском). Начиная с третьего курса, с осени 1877 г. (6 сентября), он занялся кандидатским сочинением на тему, взятую у проф. И. В. Чельцова: «Учение Оригена о Св. Троице», которую продолжал потом разрабатывать и для магистерской диссертации. Удобство ее он находил, помимо внутреннего ее интереса, в том, что она давала возможность, «собрав около себя все источники и пособия, — сидеть дома и не мыкаться чуть не каждый вечер за 3 версты в [Публичную] библиотеку».[378]
VНа кафедру древней церковной истории, неожиданно открывшуюся со смертью проф. И. В. Чельцова 5 марта 1878 г., В. В. Болотов был предназначен Советом Академии почти за 1,5 года до окончания курса. Он находился в то время только еще на третьем курсе; не была еще подана им в этот момент и кандидатская диссертация. Сам он, как сообщает он это в письме к А. П. Флоренскому, вовсе не рассчитывал на занятие вообще какой бы то ни было кафедры в Академии и предполагал, что место И. В. Чельцова займет или А. И. Садов, первый кандидат 33 курса (1876 г.), или брат покойного, М. В. Чельцов, писавший уже магистерскую диссертацию И. Е. Троицкому и имевший окончить курс в 1878 г.[379] Между прочим, свою кандидатуру на освободившуюся кафедру выставлял тогда (в прошении в Совет Академии от 27 марта) С. В. Ко–хомский, преподаватель Псковской семинарии, ученик И. В. Чельцова, окончивший курс в 1874 г. и защитивший в 1875 г. магистерскую диссертацию. Но историческое отделение, которое давно уже обратило внимание на выдающегося студента и следило особым образом за его научным развитием,[380] сразу наметило его в преемники И. В. Чельцову. 23 марта 1878 г. Совет поручил отделению принять меры к замещению кафедры, временное же исполнение обязанностей преподавателя древней церковной истории возложено было на И. Е. Троицкого, который стал теперь после Чельцова руководителем Василия Васильевича в научных занятиях. В представлении Совету от 10 июня, доложенном в Совете уже 1 сентября, отделение сообщало, что оно «имеет в виду кандидата вполне достойного этой кафедры, но, к сожалению, могущего занять ее не раньше, как в будущем году», и поэтому просило Совет ходатайствовать перед высшим начальством об отсрочке замещения кафедры до следующего года и о продолжении временного заместительства ее проф. Троицким, выражая убеждение, что от этой отсрочки нисколько не пострадают научные интересы кафедры, переданной теперь опытному специалисту и затем имеющей перейти «в руки преподавателя, подающего самые отрадные надежды».[381] При обращении митр. Исидора с этим ходатайством в Синод, в его представлении Синоду от 5 сентября, дополнялось, что «из словесных заявлений членов Совета выяснилось, что указываемый в представлении отделения кандидат на замещение вакантной кафедры древней общей церковной истории есть студент IV курса Академии Василий Болотов, замечательными дарованиями и познаниями своими, равно и примерным поведением и трудолюбием обративший на себя внимание большинства академических преподавателей и действительно подающий наилучшие надежды для церковно–исторической кафедры в Академии».[382] Ответ на ходатайство в положительном смысле последовал в указе Синода 2 октября.[383]