И вырастали один за другим пункты обвинения. Коковин обвинялся в том, что
Часть этих обвинений суд затем признал ложными, ибо выяснилось, что здесь «никаких злоупотреблений со стороны подсудимого Коковина не оказалось, а напротив, из дела видно, что дрова и провиант покупали не выше справочной цены; добыча наждака, найденного самим Коковиным, закрыта временно, так как не было потребности; остановка в производстве работ происходила иногда по мелководию; мастеровые на изумрудных приисках употреблялись по назначению; а строение фабрики остановлено и заготовленные материалы проданы или розданы в долг, по случаю происходившей по начальству переписки о переводе фабрики на место уничтоженного Елизаветинского завода…
В сентябре 1836 года суд закончил свою работу. Коковин по-прежнему находился в тюремном замке. Еще полтора года придется ему просидеть в секретной одиночке. В то время судебный приговор медленно шел по каналам бюрократической машины: от военно-судной комиссии к Оренбургскому губернатору, от губернатора в Военное министерство, из министерства на окончательное утверждение императора. Вызвало ли дело Коковина во время этого «путешествия» у кого-нибудь подозрение — неизвестно, но в конце концов приговор суда был утвержден без изменения.
Коковин все это время находился в неизвестности: и какие окончательные обвинения против него выдвинули, и когда закончился суд, и какой приговор вынесен. Мало кто знал и о его деле. В Екатеринбурге и в Петербурге ходили слухи, что Коковин повесился в тюрьме и тем признал себя виновным: зачем же безвинный человек будет кончать самоубийством?
Как родился такой слух — неизвестно, но он зафиксирован как якобы свершившийся факт в бумагах Департамента уделов и Кабинета Е И В. Именно в них-то и встретил А. Е. Ферсман это известие, а затем повторил его в своем эссе об изумруде Коковина и других работах.
В то время как бумаги придворных ведомств уже похоронили Коковина, он по-прежнему томился в одиночке. Он сломлен душой и телом, его состояние вызывает жалость тех немногих, кто знает его положение…
А дальше было вот что.
Командир батальона, несшего охрану тюремного замка, уведомил горного начальника, что 28 декабря 1836 года Коковин «по записке, присланной от здешнего полицмейстера, уволен до 6-го часа в свою квартиру, но в назначенное время в замок не явился… по болезни своей».
Горный начальник запросил доктора Рульфа, лечившего заключенного: можно ли Коковина перевезти «в покойном экипаже» в тюремный замок… 30 декабря доктор «уведомил, что г. Коковин одержим сильною воспалительною горячкою, посему отправление его в тюремный замок в настоящее время считает совершенно невозможным». Начальник принял соломоново решение: он приказал поставить в квартире Коковина «надежный воинский караул», но «при первой же возможности отправить в тюремный замок».
Очевидно, именно в эти дни женою Коковина (видимо, не без его помощи) и было написано «покорнейшее прошение» министру двора князю П. М. Волконскому. В прошении сперва обстоятельно и убедительно перечислялись заслуги командира Екатеринбургской фабрики.