Президент фон Гинденбург предложил Гитлеру, который приспособил свою политическую платформу под нужды всех промышленных, финансовых и земельных группировок, сформировать правительство. Рудольф Гесс праздновал победу фюрера, который наконец-то «находился там, где ему полагалось находиться», и полная победа, как казалось, была не за горами. Гесс тоже получил повышение, став представителем фюрера (номинально — вторым человеком в партии, хотя и без министерского портфеля) в правительстве. Работал он в тесном содружестве с Герингом, фактически вторым лицом по значению и административной власти в Пруссии. Гесс стал руководителем штаба связи, который официально являлся посредническим агентством между государственными и партийными функционерами и в то же время был высшим разведывательным центром. По сути, Гесс стал представителем фюрера по разрешению конфликтных ситуаций между партийными бонзами и правительственными чиновниками в системе управления. После смерти фон Гинденбурга армия поддержала назначение Гитлера на пост президента и присягнула на верность и «безоговорочное послушание Адольфу Гитлеру, фюреру рейха и германского народа, верховному командующему вооруженными силами…» Гитлер оказался у власти, а Гесс стал вторым лицом в государстве — заместителем фюрера.
Должность заместителя фюрера включала обязанности, которые Гесс исполнял еще будучи секретарем Гитлера. Его задача состояла в том, чтобы представлять позицию партии в государственных и законодательных органах с тем, чтобы «все полнее осуществлялись требования национал-социалистического мировоззрения». Направляя и представляя таким образом партию от имени фюрера, он выступал в роли некоего чиновного лица, к которому «со своими проблемами имел право обратиться каждый друг германского народа и мог ожидать от него совета и помощи». С этой целью Гесс создал в Берлине организацию сродни министерской, которая в отдельных случаях исполняла функции того или иного министерства. Гесс также налаживал связи с немецкими кругами за границей, он утверждал, что особые функции национал-социалистического государства состоят в том, чтобы положить конец пренебрежению к кровным узам, связующим немцев дома с немцами за границей, и с полной политической отдачей использовать обе части германской диаспоры для достижения ощутимых результатов. Президентом организации, занимавшейся иностранными вопросами — «Народного союза германской диаспоры за границей» (ВДА) — Гесс назначил Карла Хаусхофера. Под вывеской культурного обмена он формировал нацистские «базы» в малых группах немецкого населения соседних стран; это нужно было для поддержания внутреннего накала, необходимого для оказания в нужный час помощи германской внешней политике.
Для решения внутренних проблем Гесс создал отделы государственного права, искусства и культуры, а также печати (под руководством своего адъютанта Альфреда Лейтгена), образования, еще один для высших учебных заведений; отделы по занятости, финансам и налоговой политике, по «всем вопросам технологии и организации» (под началом доктора Фрица Тодта, так называемую «организацию Тодта», прославившуюся строительством автострад и монументальных оборонных комплексов и протянувшую щупальца во все сферы германской промышленности). Еще один отдел «по практическому решению технических вопросов» был создан под руководством Тео Кронейсса, директора самолетостроительной компании «Мессершмитт», которого Гесс знал со времен службы в летных частях в годы Первой мировой войны; а еще он открыл важный департамент народного здравоохранения с двумя вспомогательными службами: «по расовой политике» и «по исследованию родства», функция которой состояла в выявлении еврейской крови. К 1939 году подобных отделов насчитывалось более двадцати. А должность начальника по кадрам для управления всей этой огромной империей Гесс назначил Мартина Бормана — того, кто после провала «миссии Гесса» в мае 1941 года был назначен начальником партийной канцелярии и использовал этот пост как трамплин, чтобы постепенно, шаг за шагом, войти в доверие к Гитлеру, оттеснить соперников в борьбе за власть — и стать правой рукой Гитлера, занять место, которое занимал Рудольф Гесс. Но это было делом будущего.
Являясь министром без портфеля, Гесс входил в кабинет Гитлера, теоретически бывший высшим советом государства; будучи заместителем, он был вторым в высшем совете партии. Однако окончательные решения принимались Гитлером, и со временем эта тенденция к самостоятельному принятию решений только усиливалась. Причем в этом Гитлер руководствовался лишь собственным мнением. Гесс же, по словам его личного адъютанта Альфреда Лейтгена, был одержим лишь одной мыслью — быть преданным проводником идей Гитлера, быть «совестью партии».