25 июня 1941 года усиленный взвод «Бранденбург-800» под командованием лейтенанта Лекса был выброшен на парашютах в полосе наступления группы армий «Центр» между Лидой и Первомайским (Белоруссия) с заданием перерезать железнодорожную линию Лида — Молодечно, захватить и удержать до подхода главных сил переправы через Березину. Это был один из первых опытов ночного десантирования со сверхмалой высоты (50 м). При подлете к точке высадки транспортные самолеты Люфтваффе были встречены сильным огнем советских зенитных батарей, так что первые потери группа понесла еще в воздухе. 35 «коммандос» соединились после успешного приземления в районе станции Богданово и вышли к реке. Охрана была уничтожена в ходе внезапной атаки, а подготовленные к взрыву мосты разминированы. Бойцы Лекса заняли круговую оборону в ожидании танков вермахта, но те ввязались в затяжные бои на подходе к Березине и не смогли выйти к месту высадки диверсионной группы в контрольные сроки. Уже на рассвете русские начали отбивать захваченные мосты силами танковой и пехотной рот. Свыше суток десантники сдерживали яростные атаки превосходящих сил противника. Лекс и четверо парашютистов погибли, еще 16 бойцов получили ранения разной степени тяжести. Когда к вечеру 26 июня танковый авангард вермахта пробился к переправам, в строю оставалось только 14 «бранденбуржцев», но задание было выполнено.
Летом 1941-го в ходе операции «Ксенофон» диверсанты 1-го батальона «Бранденбург» под командованием лейтенанта Каттвица, переодетые в советскую военную форму, уничтожили позиции батареи прожекторов на мысе Пеклы, дав возможность немецким и румынским дивизиям переправиться из Крыма на Таманский полуостров через Керченский пролив.
При наступлении на Львов в ночь на 29 июня 1941 года роль передового отряда выполнял батальон украинских националистов «Нахтигаль», действовавший в составе полка «Бранденбург». Основная задача, стоявшая перед батальоном, заключалась в том, чтобы как можно быстрее пробиться к центру города и захватить его основные транспортные и хозяйственные объекты — электростанцию, вокзал и радиоузлы. Сопротивление советских войск было сломлено еще на подступах к городу, и в самом Львове серьезных боев уже не было. В результате хорошо скоординированных действий «бранденбуржцев» к 10 часам утра все намеченные объекты оказались в руках немцев.
Летом 1941 года бойцы «Бранденбурга» захватили и уничтожили ряд стратегически важных объектов на советской территории, а также осуществили множество локальных разведывательно-диверсионных операций в советском тылу. Позднее «группа береговых диверсантов» нанесла несколько весьма ощутимых ударов по советским коммуникациям на черноморском, азовском и балтийском побережьях. Известны «бранденбуржцы» и своими ночными вылазками, которые сеяли панику в тылу. В последующие годы войны «Бранденбург», помимо своих основных функций, также занимался обычной фронтовой разведкой и борьбой с партизанами.
Одной из самых громких операций «Бранденбурга» в СССР стала знаменитая Майкопская операция, которая считается одним из образцов действий разведывательно-диверсионной группы в глубоком тылу противника.
В июле — августе 1942 года группа «бранденбуржцев» в составе 62 человек под командованием лейтенанта фон Фелькерзама получила приказ захватить Майкоп, удерживать его до подхода основных частей вермахта и обеспечить охрану оборудования, предназначенного для добычи нефти. Переодетые в форму бойцов НКВД, на советских армейских грузовиках, захваченных ранее в бою, диверсанты фон Фелькерзама благополучно пересекли линию фронта. Оказавшись в Майкопе, фон Фелькерзам представился советскому командованию офицером НКВД и принялся выяснять, насколько хорошо была организована оборона города. Получив нужные сведения, он отдал своим бойцам приказ уничтожить армейский телефонный узел, с тем чтобы лишить командиров подразделений возможности оперативно связаться со штабом. Используя свое «должностное положение» в сочетании с отсутствием у оборонявшихся нормальной связи, фон Фелькерзам начал активно распространять информацию о том, что немецкие моторизованные части уже давно вышли им в тыл, хотя на самом деле передовые отряды 13-й танковой дивизии находились в двадцати километрах от Майкопа. В обстановке паники и хаоса солдаты и офицеры Красной армии стали спешно покидать свои позиции. Таким образом, благодаря действиям людей фон Фелькерзама, к вечеру 9 августа немецким войскам удалось практически без боя овладеть городом.