Адмирал, отличавшийся живостью ума и склонностью к различным нововведениям, определил фон Хиппеля во 2-й отдел абвера, специализирующийся на операциях разведывательно-диверсионного характера. Первым подразделением, сформированным по проекту Теодора фон Хиппеля, стал батальон «Эббингхаус». Основой его личного состава стали этнические немцы, проживавшие на территории Польши и в совершенстве владевшие польским языком. В ходе боевых действий в Польше батальон оправдал все возложенные на него надежды. Его бойцы активно помогали продвижению немецких войск, сея панику в польском тылу, захватывая или же разрушая жизненно важные коммуникации — мосты, железнодорожные станции и т. д. Несмотря на явные успехи «Эббингхауса» сразу же после оккупации Польши вермахтом батальон был распущен, однако уже 25 октября 1939 года адмирал Канарис поручил фон Хиппелю сформировать на его базе новое подразделение, получившее название «800-я учебно-строительная рота особого назначения». Рота быстро пополнялась добровольцами — этническими немцами из различных стран мира. 15 декабря 1939 года она была преобразована в батальон с постоянной дислокацией в Бранденбурге-на-Хавеле. Девизом батальона стала фраза, точно характеризующая универсальную сущность подразделения: «Для “Бранденбурга” все дороги хороши!»
Первоначально батальон состоял из парашютного и мотоциклетного взводов, а также четырех рот, организованных по этническому признаку: 1-я рота — русские и прибалтийские немцы; 2-я рота — английские и африканские немцы; 3-я рота — судетские и югославские немцы; 4-я рота — польские немцы. Так как численность личного состава батальона постепенно увеличивалась, в нем были образованы новые структурные единицы, в том числе не только из немцев, но и из представителей других национальностей (украинцев, индусов, арабов и т. д.).
Солдаты «Бранденбурга», помимо постоянной лингвистической практики, осваивали рукопашный бой, работу с картой, взрывное дело, маскировку на местности, тактику боя в одиночку и малыми группами, навыки изготовления фальшивых документов, тактику засад, борьбу с танками, досконально изучали свое и трофейное стрелковое оружие и многое другое, а так же технику прыжка с парашютом, десантирование на побережье, движение по пересеченной местности (в том числе и на лыжах). Они были также обучены вести боевые действия в сложных погодных условиях и ночью. Главная задача «бранденбуржцев» сводилась к тому, чтобы с помощью маскировки и введения противника в заблуждение добиться эффекта внезапности, который должен был использоваться идущими за ними немецкими войсками. При этом внезапность носила тактический, а иногда и оперативно-стратегический характер. Применение «Бранденбурга» было таким разнообразным, что охватывало все мыслимые формы и методы, присущие операциям разведывательно-диверсионного характера при полной или частичной маскировке. При частичной маскировке использовались характерные части формы одежды противника и его вооружение. При открытии огня эти атрибуты должны были сбрасываться, что полностью соответствовало законам ведения военных действий. Полная же маскировка была нужна для того, чтобы вызвать у противника панику стрельбой «своих войск» и за счет этого быстро выполнить поставленную задачу. Подобные боевые действия осуществлялись вне законов и обычаев войны. Численность «бранденбургских» подразделений варьировалась в зависимости от характера планируемой операции — это могли быть и группы диверсантов от 5 до 12 человек, и целые роты, приданные армиям.
Но поскольку весь объем знаний усвоить одинаково хорошо невозможно, то всех солдат дифференцировали по способностям и склонностям. В борьбе допускались все средства: применение любых видов оружия, пытки при допросе пленных, захват заложников, убийство женщин и детей, террор и ряд других мер, противоречащих традиционным обычаям войны. Самим же бойцам подразделения «Бранденбург» выдавали капсулы с ядом (цианистым калием), дабы избавить их от плена.
В «Бранденбурге» был разработан новый принцип ведения боя, который теперь используют спецназы всех стран мира — тактика работы в «боевой двойке», или «работа в паре». Двойки тренировались во взаимодействии в составе подразделения из 12 человек (условно — боевое отделение). Эти отделения формировались в тактическое боевое подразделение из 300 человек — батальон.
Роты батальона проходили усиленную специальную подготовку в местечке Квенцгут на Квенцзее. Там, помимо казарм и учебного здания, имелось стрельбище и саперно-технический полигон. На нем были установлены части всевозможных реальных объектов — мостов, переездов, участков шоссе и т. п. Большое внимание уделялось практике незаметного, скрытного подхода к объекту, бесшумного снятия постов, а также установке подрывных устройств и минированию.