Части английских «коммандос», в отличие от других военных подразделений, имели специфическое вооружение и экипировку. Все бойцы были обучены использованию любого английского, немецкого, американского и французского стрелкового оружия. Основным оружием спецподразделений в период 1941–1943 годов стал американский пистолет-пулемет Томпсона различных модификаций. Также коммандос вооружали и холодным оружием: ножами и дубинками, но настоящим символом этих войск стал обоюдоострый кинжал производства фирмы «Fairbairn & Sykes» № 2. Это оружие получило широкое распространение в спецвойсках в 1942 году. «Коммандос» имели и специальный «боевой мачете», который из-за своего внешнего вида был прозван «Roman Sword» или «Gladius», то есть римский меч, или гладиус. «Коммандос» вооружали и обычными армейскими штыками, а пулеметчиков — пистолетами, что в то время было весьма необычно для британской армии. Характерным предметом снаряжения «коммандос» стал и рюкзак норвежского образца, получивший название «Bergen» («Берген»). Этот удобный рюкзак, пошитый из прочной прорезиненной материи цвета хаки, впервые в британской армии заменил пехотный полевой ранец. Что касается обмундирования, тут «коммандос» тоже «отличились» — в этих частях не было единого специального обмундирования, любопытно, например, коммандос-шотландцы часто носили килты, в том числе и в рейдах. И только в 1942 году были введены единые для всех отрядов «коммандос» предметы обмундирования: зеленые береты, стандартные нарукавные нашивки и эмблемы Управления объединенных операций.
Не только успехи английских «коммандос» стали поводом для недовольства действиями Канариса, но и ряд успешных операций контрразведок союзников. По словам Шелленберга, Гитлер спросил у Гиммлера, как тот вообще терпит Канариса с его «глупой болтовней», и заявил, что ему надоело выслушивать ее. Фюрер даже хотел уволить Канариса по причине служебного несоответствия.
Шелленберг, говоря о Канарисе, заключает, что «для главы такого гигантского аппарата разведки он был слишком добродушен, слишком мягок». В сейфе у Шелленберга была специальная секретная папка, озаглавленная «Канарис», которая ему пригодилась в будущем. В своих мемуарах Шелленберг упоминает, что он отдал досье на Канариса Гиммлеру, который обещал при случае ознакомить с ним Гитлера. Однако, несмотря на напоминания Шелленберга, «у Гиммлера не хватало мужества сделать необходимые выводы», да «и Гейдрих в глубине души уважал своего бывшего начальника». Известно, что после ареста Канариса Гиммлер длительное время спасал его от расстрела.
Когда в начале 1943 года несколько сотрудников абвера были арестованы гестапо по подозрению в организации покушения на Гитлера, было начато расследование деятельности всей разведслужбы Канариса. После целого ряда провалов операций, возглавлявшихся Канарисом, Гитлер в феврале 1944-го объявил об отстранении Канариса от должности, «на том основании, по словам Шелленберга, что его служебные и личные недостатки достигли невыносимых размеров», а также о том, что большая часть абвера переподчиняется Главному управлению имперской безопасности СС. Аппарат военной разведки был расформирован и круг ее задач был распределен между контрразведкой и вновь созданным ведомством РСХА. Большая часть бывшей организации Канариса оказалась под руководством Шелленберга, которому присвоили звание генерал-майора войск СС и чин бригаденфюрера СС. После отставки Канарис был помещен в замок Лауэнштейн, покидать который ему запрещалось, с июня 1944 года он уволен в запас. А после недавнего покушения в «Волчьем логове», в этом же году Канарис по приказу начальника гестапо Мюллера был арестован. Как рассказывает в мемуарах сам Шелленберг, ему позвонил Мюллер и резким голосом приказал срочно отправиться на квартиру Канариса, сообщить ему, что он арестован и тут же отвезти его в Фюрстенберг в Мекленбурге, где он должен находиться, пока «все не выяснится». Именно Мюллер и Кальтенбруннер в то время занимались расследованиями покушения на Гитлера 20 июля 1944 года, а также руководили взятием заподозренных под стражу.
На арест Канарис отреагировал спокойно, сказав Шелленбергу: «Жаль, но ничего не поделаешь», а также отметив, что «Кальтенбруннер и Мюллер — всего лишь мясники, жаждущие моей крови». И когда Шелленберг предложил ему «пойти в спальню, чтобы переодеться», Канарис ответил: «Нет, Шелленберг, о побеге не может быть и речи. Самоубийством кончать я тоже не собираюсь».