С началом Второй мировой войны, наметившееся ранее противостояние между разведслужбами значительно усилилось. 27 сентября 1939 года в результате объединения Главного управления полиции безопасности и службы безопасности (СД) было создано Главное управление имперской безопасности — сокращенно РСХА. Оно являлось руководящим органом политической разведки и полиции безопасности Третьего рейха и находилось в подчинении рейхсфюрера СС и шефа германской полиции Генриха Гиммлера. РСХА было одним из 12 главных управлений СС со штатом в 3000 сотрудников. Начальником РСХА был назначен Рейнхард Гейдрих, который руководил этой организацией до 27 мая 1942 года, когда на него было совершено покушение. Ранение, полученное в результате нападения чешских партизан, подготовленных в Англии, оказалось смертельным, и 4 июня первый шеф РСХА скончался. С 28 мая по 31 декабря 1942-го Главное управление имперской безопасности возглавлял рейхсфюрер СС Генрих Гиммлер. Затем его заменил Эрнст Кальтенбруннер, который был назначен на этот пост 30 января 1943 года и занимал его до конца Второй мировой войны. Заметим также, что возглавить «учебный лагерь» Отто Скорцени предложили в апреле 1943 года, именно тогда, когда Гитлер объявил тотальную войну на уничтожение, когда подразделение «Бранденбург» переформировали в штурмовую дивизию, а Главное управление имперской безопасности возглавил друг Скорцени — Э. Кальтенбруннер. Безусловно, это не случайное совпадение, напротив, именно политическими успехами Кальтенбруннера объясняется выдвижение Скорцени.
Однако вернемся к событиям 1940 года. Именно тогда Вильгельм Канарис, начальник абвера, был произведен в адмиралы. Это еще более усилило конфронтацию между службами и личную неприязнь между главами служб: противник Канариса, Рейнхард Гейдрих, начальник РСХА, более интенсивно стал сбирать компрометирующую информацию против Канариса, своего бывшего сослуживца на флоте.
Личные отношения Канариса и Гейдриха были сложными. Канарис опасался Гейдриха и называл его «умнейшей бестией». В своем дневнике он говорил о Гейдрихе после первой служебной встречи, как о «жестоком фанатике, с которым будет трудно сотрудничать открыто и доверительно». Несмотря на это Канарис, пока Гейдрих был жив, то есть до 27 мая 1942 года, стремился поддерживать с ним хорошие личные отношения. По воле случая Канарис, когда его семья в начале февраля 1935-го переехала из Свинемюнде в Берлин, нашел квартиру на Деллештрассе. Вскоре выяснилось, что Гейдрих живет неподалеку от него на той же улице. Канарис старался поддерживать контакты между обеими семьями, и воскресными вечерами летом 1935 года семья Канариса ходила к Гейдрихам, чтобы там в саду поиграть в крокет. В августе 1936-го Канарис купил себе маленький дом в Шлахтензее на Дианаштрассе, а полгода спустя Гейдрих купил на Августаштрассе, в двух минутах ходьбы от дома Канариса, строящееся здание и переехал туда, когда оно было готово. Фрау Канарис, услышав об этом, не могла удержаться от смеха и сказала: «Хорошая покупка!» Гейдрих уловил в этом замечании намек, так как сразу стал защищаться и сказал, что он по чистой случайности нашел подходящий дом рядом с домом Канариса. О том, что Гейдрих, несмотря на внешнюю приветливость, считал Канариса своим противником и всегда был начеку, говорили многие сотрудники СД. Он даже предостерегал своих подчиненных, что с Канарисом, «этим старым лисом, нужно быть всегда настороже».
Штандартенфюрер СС Шелленберг, который после падения Канариса принял руководство секретной службой связи, заявил в Нюрнберге, что Гейдрих не доверял Канарису только потому, что у того были документы, подтверждающие неарийское происхождение Гейдриха, которые хранились в надежном месте. Подобные рассказы можно было услышать и от других людей. Однако документы эти до сих пор не найдены. Да и люди, что по работе и в личной жизни поддерживали с Канарисом наиболее близкие отношения, ничего подобного от него не слышали, хотя никто не сомневался в том, что он был хорошо осведомлен о неарийском происхождении отца Гейдриха.
Но против утверждений Шелленберга, что Канарис располагал документами о «неудачном» рождении Гейдриха и хранил их в печатном виде в надежном месте, свидетельствует тот факт, что Канарис, по словам людей из его окружения, всегда боялся Гейдриха и что известие о смерти последнего было воспринято им с облегчением, хотя он посчитал необходимым во время погребения заявить сотрудникам Гейдриха «глухим, словно охрипшим от слез голосом», что он исключительно ценил и почитал Гейдриха как великого человека и потерял в его лице верного друга.
После смерти Гейдриха противостояние между абвером и РСХА только усилилось. Положение осложнялось тем, что в 1942 году был проведен ряд неудачных, по сути — провальных, операций: «Боярышник» по подготовке восстания в Южной Африке, «Тигр» в афгано-индийском конфликте, «Шамиль» по подготовке восстания на Кавказе.