Однако, Союз исламских судов тоже не сидел сложа руки – тем более у них были серьезные спонсоры за рубежом и серьезные контакты. Если раньше война в Сомали была вещью в себе и эта страна, не имеющая особых полезных ископаемых никому не была интересна – то сейчас ситуация начала обостряться из-за тайного и явного иностранного вмешательства. В то время, как лидеры боевиков переходного правительства, даже став министрами продолжали заниматься разборками между собой – Союз спешно укреплял ряды. Эритрея, бывшая провинция Эфиопии, отколовшаяся и получившая независимость в 193 году, которая Эфиопия так и не признала – как независимое государство стало официально закупать в больших количествах оружие и переправлять его боевикам Судов. Расчет был прост – пока Эфиопия участвует в миротворческой операции в Сомали, пока неспокойно в Огадене – самой Эритрее ничего не грозит. Получив оружие, солдаты Судов начали наступление на Могадишо, который до этого контролировался племенными бандформированиями и откровенно уголовными бандами. Пятого июня две тысячи шестого года город был взят с боями, в руки Судов попали остатки тяжелого вооружения еще сомалийской армии, остававшиеся исправными. Четырнадцатого июня – был взят с боем находящийся недалеко от Могадишо город Йовхар.
Взяв бывшую столицу страны – Могадишо – Союз исламских судов доказал свою силу и боеспособность – и потому в разгромленный город зачастили иностранные гости. Двадцать седьмого июля шестого года в город прибыли представители вооруженных сил и спецслужб Эритреи, Египта и Ливии, встретившиеся с руководством Организации исламских судов. Была организованна переброска исламских экстремистов из Пакистана, а так же из числа боевиков, действующего в Эфиопии «Oromo Liberation front», действовавшего в среде местной этнической группы оромо.
В руки исламских экстремистов хлынул поток оружия. В июле шестого – в порт Могадишо прибыл первый иранский сухогруз с оружием, в том числе с РПГ и ПЗРК. Начали направлять суда и самолеты с оружием Ливия, Ирак (находящийся под контролем армии США!!!), Саудовская Аравия, Сирия. Помимо оружия – Ирак начал посылать в страну инструкторов, обученных американцами (!!!). В городе Балаад в бывших армейских казармах – исламистами был организован тренировочный лагерь с иностранными инструкторами. Когда в том же 2006 году Израиль начал операцию против ливанской Хезбаллы – Союз исламских судов послал на помощь ливанцам семьсот боевиков.
К осени две тысячи шестого года на юге остался вне влияния Судов лишь город Байдоа и то лишь потому, что его обороняли эфиопские миротворцы, а не боевики. Назначенные министрами варлорды – сидели в столице Кении Найроби.
В это же время – Суды начали распространять свое влияние на Пунтланд и отчасти на Сомалилэнд. Дело пошло к объединению страны.
В середине августа силы Организации исламских судов захватили порт Хобио, в 500 километрах от Могадишо выбив оттуда местных полевых командиров. В июле была организованна чистка улиц Могадишо от мусора, накопившегося там годами. Пятнадцатого августа был взят порт Харадере, являвшийся базой морских пиратов, а двадцать пятого августа был открыт для гражданских судов порт Могадишо, до этого закрытый годами.
В ноябре шестого – Суды захватили в Пунтланде город Бандирадли и начали наступление на город Галкайо.
Когда в районе Бандирадли начались бои сил Организации исламских судов и местного полевого командира, бывшего «министра обороны Сомали» то хотя армия Пунтленда послала в этот район свои силы, в соседнем в пограничном городе Галкайо был создан «исламский суд». Прибывший сюда президент Пунтленда одобрил существование этого суда. Делу помешало введение эфиопских войск в этот город.
Организация исламских судов оказывала поддержку сомалийским повстанцам в Огадене, ведших партизанскую войну против Эфиопии, и стала использовать сомалийский национализм для распространения своего влияния вне Сомали – в первую очередь в Эфиопии а так же в Кении. Свыше четырех тысяч добровольцев из Кении вступило в ряды Организации исламских судов в Сомали за жалование четыреста долларов в месяц – отличные деньги по меркам почти любой африканской страны.
Хотя пятого сентября на встрече в Хартуме представителей Переходного правительства и Организации исламских судов было договорено перемирие, оно не соблюдалось. Уже восемнадцатого сентября, глава Переходного правительства Сомали Абдулах Юсуф был подорван смертником, за которым стояла скорее всего Организация исламских судов.
В итоге единственным городом, где смогли удержаться до декабря полевые командиры, стал город Байдоу, где находился контингент эфиопских войск. Четвертого декабря шестого года Баидоу был окружен, а двенадцатого декабря Организация исламских судов потребовала от полевым командиров, контролировавших город сложить оружие.