За три–четыре года с момента начала контртеррористической операции – удалось ликвидировать практически всю верхушку бандформирований. В этом, российские разведслужбы оказались на одном уровне с американскими, хотя техническое оснащение американцев – выше как минимум на поколение.
Среди ликвидированных бандитов и террористов: Хункарпаша Исрапилов, Асламбек Исмаилов, Лечи Дудаев, Абу Мовсаев, Иса Астамиров, Бауди Бакуев, Магомед Цагараев, Арби Бараев, эмир Хаттаб, Руслан Гелаев, Зелимхан Яндарбиев, Ваха Арсанов, Аслан Масхадов и Абдул-Халим Сайдулаев. Уничтожено более тысячи иностранных наёмников, воевавших на стороне чеченских боевиков, на территории России. Среди уничтоженных: Абу Умар – полевой командир из бандформирования Хаттаба, Абу Хаким – первый заместитель Хаттаба, араб; Абу Бакар – командир группы иностранных наёмников из бандформирования Хаттаба, гражданин Турции; а также полевые командиры – арабы: Абу Самад, Абу Идрис, Гамиди Якуб, Сайфулла – всего двадцать полевых командиров-арабов воевавших под командованием Хаттаба и Абу аль Валида, нашли свою смерть в Чечне.
В январе 2003 года в ходе спецоперации уничтожен Шамсуди Сапиев – ближайший сподвижник Шамиля Басаева, главарь одной из банд, орудовавшей в Шалинском районе. Он был известен под кличкой "Малыш" и имел позывные "Каратель" и "Абу Саяп".
В июне 2004 года в селе Далаково в Ингушетии при попытке задержания уничтожен Магомед Евлоев. Он являлся ближайшим подручным Басаева, был тесно связан с арабами – наёмниками, в том числе и с Абу аль Валидом. По его личному указанию он обосновался в Ингушетии, стал «эмиром» и координировал преступную деятельность боевиков в этой республике.
В апреле 2004 года был убит и сам Абу аль Валид – бывший командир спецназа Саудовской Аравии арабский полевой командир, "правая рука" Хаттаба, который причастен к взрывам жилых домов в Москве в 1999 году и военного госпиталя в Моздоке летом 2003 года.
В июле того же 2004 года в городе Малгобек Республики Ингушетия уничтожен Абу Кутейба Джаммаля – являвшийся организатором и руководителем банд, действующих на территории Чечни, Ингушетии, Дагестана и Кабардино-Балкарии.