Однако в полной мере всю свою ярость монахи приберегали для собственных диспутов. То были не религиозные войны, как мы их себе представляем: спор между монастырями обычно возникал из-за земли или престижа. Вопрос зачастую решался путем сожжения враждебного монастыря. Заключались союзы между монастырями — впрочем, они легко и распадались В 989 и 1006 гг. Энрякудзи воевал против Кофукудзи. В 1081 г. Энрякудзи объединился с Миидэра против Кофукудзи, и во время этого столкновения монахи Кофукудзи сожгли Миидэра и унесли много добычи. Позже, в том же году, монахи Энрякудзи поссорились с Миидэра и снова сожгли его. В 1113 г. монахи Энрякудзи сожгли храм Киёмидзу из-за разногласий, связанных с выбором настоятеля. В 1140 г. Энрякудзи вновь объявил войну Миидэра, а в 1142 г. монахи Миидэра напали на Энрякудзи. Этот длинный список пополнялся до тех пор, пока вылазки воинствующих монахов не растворились в великой войне, охватившей всю страну. Все началось с незначительного инцидента. В январе 1081 г. люди Оми, которые подчинялись Энрякудзи, напали на жителей Оцу, которые были подданными Миидэра. Хотя люди Оцу и принесли жалобу в Энрякудзи, ничего предпринято не было. Тогда они обратились в Миидэра, где им посоветовали никогда больше не выполнять работ для Энрякудзи. Это привело в ярость монахов Энрякудзи, которые в июне выслали войско против Миидэра. В Миидэра их уже ждали. Первое нападение было отбито, но они с удвоенной силой снова пошли на штурм. Настоятель Энрякудзи лично руководил военными действиями и так подстегивал пыл своих сторонников, что, когда пламя угасло, уничтоженными оказались 294 зала, 15 хранилищ сутр, 6 звонниц, 4 трапезных, 624 монашеских обители и более 1 500 жилых домов — по сути дела, весь монастырский комплекс за исключением нескольких зданий. Вслед за этим монахи Миидэра в свою очередь двинулись на Энрякудзи с большой армией. Правительство, сильно обеспокоенное, послало солдат, чтобы усмирить их, однако в сентябре военные действия возобновились, а в столице пошли слухи, что два монастыря готовы объединиться и напасть на Киото. Императорский двор в полном ужасе обратился к единственной силе, способной противостоять такому вторжению, и для защиты столицы назначил сёгуном Минамото Ёсииэ. Этот решительный человек, покрытый славой Первой девятилетней войны, которому два года спустя предстояло выступить на Вторую трехлетнюю войну, с готовностью принял назначение. Самураи укрепили столицу, но ожидавшееся нападение так и не состоялось, и Ёсииэ вернулся к своим обычным обязанностям.