Когда, наконец, эти публичные прения закончились взаимным соглашением, то казалось, что университет сейчас же и будет открыть; но открытие его заставило еще себя подождать в силу различных обстоятельств. Мы отдали полную справедливость благородной мысли возродить побежденную страну путем возбуждения ее умственной и нравственной энергии; но справедливость требует тоже прибавить, что усердие исполнителей далеко не было в соответствии с величием замысла. Дело затянулось прежде всего благодаря затруднительным обстоятельствам, в которых находилось государство. В его политическом строе произошли крупные перемены: непосредственное управление кабинета сменилось управлением через министров. Ведение дел перешло от Бейме, главного советника короля, в руки Штейна. Этот великий министр знал, конечно, цену и силу воспитания. «Наибольшие надежды мы должны возлагать на воспитание и образование молодежи, — пишет он в 1808 году. Придет день, когда, при помощи методов, основанных на изучении внутренней природы человека, ум станет получать всестороннее развитие, когда будет сообщаться всем людям знание основных принципов, управляющих жизнью, когда в людях будут тщательно воспитываться чувства любви к Богу, королю и отечеству, которыми в настоящее время так легкомысленно пренебрегают, — и тогда мы увидим новое поколение, сильное физически и нравственно, и перед нами откроется лучшее будущее!» Но человек, говоривший такие прекрасные слова, был министром в государстве, которое принуждено было жить со дня на день; у него на руках была масса неотложнейших дел, как изыскание средств на уплату военной контрибуции, на выкуп территории, еще занятой врагами, и на преобразование администрации и армии. Притом он не принадлежал к числу сторонников учреждения университета в Берлин. Он думал, что появление повес-студентов в городе, известном податливостью своих девушек, может вредно отозваться на общественной нравственности. «У нас окажется тогда слишком большой ежегодный прирост незаконнорожденных!» говорил он.
Такое настроение министра ободрило разного рода противников университета, недовольство которых проистекало не из очень благовидных источников. Медико-хирургическая коллегия протестовала против всяких лекции по медицине без ее дозволения и вне ее контроля. Академия принимала свои меры предосторожности против будущего университета: ее директор произнес пышную речь, где доказывал, что за академией следует сохранить «объективное», т. е. науку, а университет ограничить «субъективным», т.е. преподаванием.
Таким образом, профессору полагалось только обладать хорошей памятью, тогда как академику предоставлялась привилегия гениальности. Академия, кроме того, побаивалась, что будет стеснена в пользовании королевской библиотекой, и заранее жаловалась на это. Университет во Франкфурте-на-Одер опасался конкуренции Берлина и устами своих защитников повторял, что большой город устрашит Муз, которые «любят уединение лесов и долин». С другой стороны представлялись затруднения со стороны профессоров, содействием которых желательно было заручиться: они назначали слишком уж высокую плату за свои услуги. Многие из явившихся в Берлин в расчете занять кафедру в университете, долго не получая приглашения, теряли терпение и начинали переговоры в других местах. Даже сами инициаторы великого проекта подавали при этом печальные примеры человеческой слабости: один из них готов был принять кафедру в Галле, где университет вновь открылся с дозволения Наполеона, наименовавшись Императорским. Да, самим философам нелегко бывает крепко стоять на геройских решениях, и крупный оклад производить свое действие даже на профессоров, посвятивших свою жизнь немецкой науке!