30 октября 1941 г., захватив почти весь Крым, немецкие и румынские войска вышли к северо-восточной окраине Севастополя. В ноябре и декабре 1941 г. они предприняли два штурма города, которые были отбиты. В конце декабря прошла Керченско-Феодосийская десантная операция, в результате которой от врага освободили Керченский полуостров. Советское командование рассчитывало в боях за Севастополь измотать противника, после чего нанести по нему удар с Керченского полуострова. Однако в мае 1942 г. немцам удалось вернуть его себе, и Севастополь остался с врагами «один на один».
Начиная со 2 июня 1942 г., фашисты в течение пяти дней вели артподготовку и авианалеты, после чего начался штурм. Следует сказать, что в обстреле Севастополя участвовали две самоходные 600-мм мортиры «Карл» и пушка «Дора» калибра 800 мм. Защитники Севастополя сражались стойко. Противнику был нанесен большой урон, но 29 июня советская оборона была прорвана на всех участках. Утром 30 июня И.В. Сталин отдал приказ советским войскам оставить Севастополь.
Батарея №35 вела интенсивный огонь по противнику, поддерживая оборонявшиеся войска. Вечером 30 июня в каземате батареи было принято решение об эвакуации командования Севастопольского оборонительного района, Военных советов Черноморского флота и Приморской армии. Ночью на 1 июля 1942 г. они были приняты на борт подводной лодки, взявшей курс на Новороссийск. Но сопротивление продолжалось.
Несколько тысяч защитников Севастополя были оттеснены на запад, на мыс Херсонес, в район 35-й батареи. Прижатые к морю севастопольцы под прикрытием огня батареи отбивали многочисленные атаки, осуществляя эвакуацию по морю и воздухом.
Вечером 1 июля 1942 г., когда противник приблизился к позициям батареи на 600 м, последние снаряды по нему выпустили прямой наводкой. Очередная атака была отбита. В ночь на 2 июля батарею взорвали: были уничтожены орудийные башни и все ценное оборудование: дальномеры, приборы управления стрельбой, средства связи, дизель-генераторы и т.д. Командир батареи капитан А.Я. Лещенко в последнем бою лично вел огонь из орудий 2-й башни, был ранен, но после подрыва батареи с группой в несколько бойцов ему удалось вплавь добраться до одного из советских «морских охотников».
«Официально» оборона Севастополя закончилась 4 июля 1942 г. На самом деле внутрь 35-й батареи немцы смогли проникнуть только 9 июля, после применения против ее защитников ядовитых газов. Но сопротивление продолжалось минимум до 17 июля.
Несколько советских моряков, соорудив из подручных средств плавсредства, вышли в море; их обнаружила и взяла на борт наша подводная лодка. Некоторым защитникам Севастополя удалось прорваться через фашистские заслоны и уйти в партизаны, но большинство советских воинов (несколько тысяч) на мысе Херсонес попали в плен.
Немцы в уцелевших помещениях 35-й батареи организовали свой госпиталь, впоследствии – эвакопункт, а в мае 1944 г. Красная Армия буквально взяла реванш за трагедию июля 1942 г. на мысе Херсонес.
С 8 по 16 апреля 1944 г. части 4-го Украинского фронта освободили от захватчиков почти весь Крым, за исключением Севастополя. Попытка взять его сходу тогда не удалась.
Штурм Севастополя советскими войсками начался 5 мая 1944 г., а 9 мая город был освобожден. Несколько тысяч немецких и румынских солдат отступили на западную оконечность города, на мыс Херсонес, где 12 мая были уничтожены или взяты в плен.
Теперь об устройстве батареи и музейно-мемориальном комплексе «35-я береговая батарея». Основным сооружением батареи являлся бетонный массив (цитадель), в котором размещалась большая часть помещений жизнеобеспечения батареи, к нему же примыкал орудийный блок башни №2. На некотором удалении находились соединенные с ними подземными коридорами (потернами) орудийный блок башни №1, правый и левый командно-дальномерные посты (КДП) и два воздуховода – запасных выхода к морю. В воздуховоде орудийного блока №1 имелось помещение фильтровентиляционных установок (ФВУ).
В настоящее время сохранилась цитадель (рядом с ней расположена небольшая башенка, это КДП уже послевоенной береговой батареи 130-мм орудий, находившейся на этом месте до 1960-х гг.) и блок левого КДП. От орудийных башен остались только барбеты (шахты). Помещение ФВУ (в последние часы обороны здесь размещался еще и лазарет) и запасной выход около него также уцелели. Сохранились потерны, соединяющие цитадель с левым КДП и орудийным блоком №1.
Однако из-за жестоких боев и самоподрыва батареи помещения остались почти пустыми: внутреннего оборудования нет, воспроизведена лишь небольшая часть обстановки жилых кубриков, лазарета и помещения ФВУ. Основную часть экспозиции внутри цитадели составляют фотографии, документы, оружие и предметы амуниции.