В середине 1960-х гг. двумя ракетами типа К-13 дооснастили перехватчик Як-28П. Подкрыльевые пусковые К-13, рассматривавшиеся как дополнение к главному калибру – паре ракет семейства К-8/К-98 -не сразу нашли свое окончательное место – ближе к законцовкам крыла. Вначале их разместили между фюзеляжем и гондолами двигателей, но такая компоновка была отвергнута из-за угрозы помпажа при пуске К-13.
В ходе серийного производства и эксплуатации выявился небезопасный дефект – неплановое срабатывание взрывателя. По результатам испытаний в 1972 г. взрыватель доработали, устранив предпосылки к аварийным ситуациям.
Для повышения эффективности применения ракет К-13 был спроектирован и в 1973 г. испытан наМиГ-21СМ №116 прицел АСП-ПФЦ-И, автоматически определяющий угол упреждения при пуске ракет. В следующем году провели оценочные испытания по пускам ракет при перегрузке носителя, увеличенной вдвое по сравнению с официально допустимыми двумя единицами. Результаты были использованы при проектировании перспективных наиболее маневренных ракет семейства К-13-К-13М1 и К-14.
Серийное производство ракет семейства К-13 велось на заводах №43 в Москве и №485 в Киеве. При этом только на московском заводе с 1960 г. до конца 1970-х гг. было выпущено более 90000 ракет.
Уже к моменту завершения разработки ракеты К-13А возможность ее применения лишь в простых метеоусловиях представлялась серьезным недостатком. В соответствии с постановлением от 2 марта 1962 г. наряду с принятием на вооружение МиГ-21 ПФ для очередной модификации этого самолета поручалось создать вариант ракеты с полуактивной радиолокационной системой наведения – К-13Р. Тем самым подтверждалась неподъемность для МиГ-21 как легкого фронтового истребителя как существующих, так и перспективных всепогодных ракет средней дальности, весивших, соответственно, без малого 300 или около 200 кг.
В соответствии с решением ВПК от 24 октября 1962 г. предусматривался выпуск эскизного проекта К-13Р до конца года. Тридцать новых ракет следовало представить на заводские испытания в III кв. 1963 г., а еще 20 – на государственные испытания к концу года. Министерству обороны предписывалось выделить три самолета МиГ-21 ПФ и 25 ракет К-13А.
Разработка головки самонаведения ПАРГ-13ВВ была поручена НИИ-648 (главный конструктор Н.А. Викторов), а обеспечивающей подсветку цели самолетной РЛС «Сапфир-21» – НИИ-339 (Ю Н. Кирпичев). Взамен неконтактного оптического взрывателя НОВ-13К создавался радиовзрыватель «Ястреб». Как обычно, наряду с боевым вариантом («изделие 320») для исследований подготовили и нештатные изделия: аэродинамические («321»), пусковые («322»), программные телеметрические («323»), телеметрические («324»). Отработка радиовзрывателя проводилась на ракетах К-13РВ («изделие 320Р»). Для обеспечения ввода информации от самолетных систем в радиолокационную ГСН разработали новую пусковую установку АПУ- 13В.
По приказу МАП от 4 июля 1964 г. работы по варианту МиГ-21 с «Сапфиром» и новым ракетным вооружением в ОКБ-155 возглавил Г.М. Седов, в 1950-е гг. – первый шеф-пилот «фирмы» Микояна, затем ставший заместителем Генерального конструктора по летным испытаниям. Руководящая роль в отработке новой модификации МиГ-21 послужила важным этапом становления Седова как будущего главного конструктора по самолетам МиГ-23 и МиГ-27.
Для обеспечения автономных испытаний К-13Р привлекался один из прототипов МиГ-21 – Е-7/3 (он же Е-7 № 101). Первые восемь баллистических пусков К-13Р с Е-7/3 состоялись в период с 29 июня по 30 августа 1963 г. Ракеты с ГСН поступили только перед самым Новым годом.
При этом первые пять комплектов ГСН изготовили еще в 1961 г, тогда же началась их предварительная увязка с самолетной РЛС. В дальнейшем первый летный образец РЛС «Сапфир», поступивший из ОКБ-339 9 сентября 1963 г., поставили на МиГ-21 ПФ №76210725, на котором с 21 сентября 1963 г. по май 1964 г. проводились заводские испытания и доводка станции. На горьковском заводе были выпущены два самолета новой модификации, в дальнейшем получившей обозначение МиГ-21С(№95210101 и№95210102).