Последовали так называемые "оргвыводы". В августе 1961 г. И.И.Торопова сменили на А.Л. Ляпина, в январе 1962 г. место трижды лауреата Сталинской премии В.В. Тихомирова занял перешедший из КБ-1 Ю.Н. Фигуровский. Но время дало справедливую оценку труду конструкторов, определивших технический облик комплекса. Спустя десять с небольшим лет советские газеты с восторженным упоением перепечатывали фрагмент статьи из "Пари Матч", характеризующий эффективность спроектированной Тороповым ракеты словами "Когда-нибудь сирийцы поставят памятник изобретателю этих ракет…". Бывшее ОКБ-15 сегодня носит имя В.В Тихомирова.
Разгон зачинателей разработки не привел к ускорению работ, на какое-то время была поставлена под вопрос вся схема построения ЗРК. К началу 1963 г. из 83 запущенных ракет только 11 были оснащены ГСН. При этом удачно завершилось всего три пуска. Ракеты испытывались только с экспериментальными ГСН — поставка штатных еще не началась. Не до конца довели и испытания маршевого двигателя ЗУР.
Однако сподвижникам Тихомирова удалось отстоять избранный вариант комплекса.
В течение 1961–1963 гг. проводилась автономная наземная отработка усовершенствованной ГСН, испытания на самолетах-лабораториях и летные автономные испытания в составе ракеты. Головку самонаведения установили под кабиной летающей лаборатории Ил-14. Бывший полярный летчик Ф.Б. Фарих выполнял крайне рискованные полеты на высоте 15–20 м. Для отработки наведения средств ЗРК и ГСН ракет использовался установленный на вышке имитатор цели. Все сооружение именовалось "Райские ворота". С сентября 1963 г. начались работы по "Райским воротам", выполнявшиеся по программе заводских испытаний. Вначале все шло успешно, но при выполнении более сложных задач в трех пусках подряд произошли поломки обтекателя. С сентября приостановили испытания. Увеличили толщину стенок обтекателя до половины длины волны, взамен конструкции из нескольких слоев капрона использовали стеклотекстолит, в качестве связующего применили бакелит вместо фурфурола. В ноябре, получив новые обтекатели, всего за один день переоснастили ими ракеты. Но к этому времени надолго испортилась погода — пуски удалось возобновить лишь через два месяца.
Наконец,10 февраля 1964 г. выдалась на редкость ясная, солнечная погода. На полигоне присутствовали представители разных "фирм" и работавший в НИИ-20 главный конструктор ЗРК "Оса" М.М. Косичкин, вдохновившись предшествующими неудачами ОКБ-15 и завода № 134, съязвил: "Я бы сам сел в этот Ил-28!" Но мишень — летящий на средней высоте беспилотный Ил-28 — была сбита самым блестящим образом!
После завершения в апреле заводских испытаний начались совместные государственные испытания. При проведении летных испытаний задействовался и контрольно-измерительный пункт "Конус" — фургон с установленной на нем образцово отлаженной ГСН, измерительно-проверочной аппаратурой и рабочим местом оператора. Это оборудование позволило отслеживать качество сигнала РЛС и при возникновении нештатных ситуаций справедливо распределять ответственность между создателями наземной и бортовой аппаратуры. Работа в "Конусе" была довольно рискованной — зачастую аварийные ракеты падали в непосредственной близости от него.
К 1964 г. пуски ракет проводились в более или менее штатном исполнении, но наземные средства ЗРК еще не укомплектовали аппаратурой связи, не было увязки взаимного местоположения.
В дальнейшем пуски были, как правило, удачными, а точность наведения ракет на цель просто восхищала участников испытаний.
С января 1965 г. по июнь 1966 г. на Донгузском полигоне (начальник полигона М.И. Финогенов) под руководством комиссии, которую возглавлял Н.А. Карандеев, провели совместные испытания комплекса. В ходе испытаний выполнено 500 наведений, 37 стрельб боевыми и телеметрическими ракетами. Основные машины комплекса прошли по 800 км, а базовое шасси с весовым эквивалентом ракет — 6000 км
Постановлением ЦК КПСС и СМ СССР от 23 января 1967 г. № 54–16 комплекс был принят на вооружение войск ПВО Сухопутных войск.
Долгопрудненский завод, только в мае 1967 г. получивший весь объем документации по ракете 3М9, до конца октября успел выпустить 30 габаритно-весовых макетов этих ЗУР, обеспечив тем самым проведение ноябрьского парада на Красной площади, на котором впервые прошли самоходные установки 2П25 с этими ракетами.
Основными боевыми средствами комплекса были самоходная установка разведки и наведения (СУРН) 1С91 и самоходная пусковая установка (СПУ) 2П25 с ракетами 3М9.