В 1907 году особым циркуляром Главного Морского Штаба 68 офицерам, выдержавшим специальный экзамен, присвоено звание "Офицер подводного плавания". После этого обучение личного состава пошло нормальным образом. Офицер, закончивший Морской корпус, получал квалификацию после 10-ти месячного обучения, матрос – после 4-х месячных курсов. В состав учебного отряда вошел транспорт "Хабаровск" и субмарины – "Пескарь", "Стерлядь", "Белуга", "Лосось" и "Сиг". Именно по этим лодкам расписали 200 новобранцев, призванных в 1907 году на военную службу. Сложилась практика, при которой вновь вступающую в строй подлодку зачисляли в состав учебного отряда для прохождения курса боевой подготовки и сплочения экипажа. После его завершения корабль с укомплектованным и обученным экипажем поступал в состав отдельного дивизиона подлодок Балтийского флота.
Учебный отряд служил тем полигоном, где отрабатывались новые тактические маневры. Так в учебных целях атаковали транспорт "Хабаровск", а иногда и другие суда, приходящие в Ревель или Либаву, где дислоцировался отряд. Лодки много находились в море, причем стреляли учебными торпедами с мнущейся головной частью, чтобы добиваться прямого попадания в цель. Кроме просто учебных выходов в море, в отряде проводились различные испытания.
Очень многие военные моряки считали подводную лодку практически не пригодной для боевых целей, кроме ведения разведки и то в ограниченных пределах. Субмарина, конечно, может при случае атаковать торпедой боевой корабль, но из-за слабой видимости в перископ стрелять придется со 100-200 метров. Взрыв торпеды с сотней килограммов мощной взрывчатки обязательно погубит подлодку ударной волной, а атака из надводного положения результата не даст. Пытаясь практически решить вопрос о том, является ли подводная лодка оружием смертников, по инициативе помощника главного инспектора минного дела Морского Технического Комитета РИФ капитана 2 ранга М.Н. Беклемишева в Либаве в 1906- 1908 гг. провели серию уникальных испытаний. Около погруженной подводной лодки проводили взрывы, правда, выше корпуса, погрузив заряд всего на 5 метров. Первоначально взяли половинный заряд – 43 кг., затем и полный – 80 кг. На борту вначале помещали кроликов, овец, собаку и т.д. Опытов проводили очень много и осторожно, поэтому эксперимент затянулся на 3 года. Зато наши подводники точно знали, что торпедой стрелять вполне реально и это не "пропуск на тот свет". Такое положение вещей резко отличалось от ситуации на других флотах. Позволю себе привести несколько строк из воспоминаний помощника командира немецкой U-9 Иоганна Шписа о знаменитой атаке 22 сентября 1914 года, когда лодка потопила 3 английских броненосных крейсера: "Всех нас волновали важные вопросы: не выскочит ли лодка при выстреле на поверхность и не получит ли она повреждений в момент взрыва. Команда ожидала чего-нибудь ужасного и катастрофического".
Количество подводных лодок в России к 1908 году возросло до 30-ти. Официальные власти пришли, наконец, к пониманию специфики подводного флота, но, к сожалению, еще не к пониманию его значимости. Вот какие строки были включены в доклад Морского Ведомства на XI международном судоходном конгрессе, проходившем в 1908 году в Петербурге: "Если в надводном флоте очень желательны спокойные, хладнокровные люди, то в подводном они необходимы: на надводных судах много посредственных и даже плохих командиров плавали всю свою жизнь, и весь вред от их неумелого управления и неуверенности выражался в поломанных поручнях, раздавленных шлюпках и порванных снастях; на подводной же лодке плохому командиру, может быть, в первый же раз придется ценой своей жизни уплатить за ошибку".
Казалось, все хорошо, если бы не ряд больших НО! К 1909 году в строй наконец вошли почти все корабли, заказанные в период русско-японской войны, но техника двигалась вперед такими темпами, что лодки к этому времени морально устарели. Достаточно сказать, что лодки типа "Кайман" имели деревянную палубу толщиной 7,5 см. Если лодка долгое время не погружалась, на солнце дерево рассыхалось и коробилось. Наоборот, если субмарина плавала под водой длительное время, палуба разбухала и вспучивалась. Это грозило потерей плавучести. Ликвидировать "деревянный американский подарок" не представлялось возможным, так как он играл роль как бы поплавка, имеющего плавучесть 16-17 т, т.е. без него "Кайманы" не могли держаться на воде.