В 1956… 1957 годах был проведен ряд доработок комплекса. Для удобства хранения и транспортировки ввели в эксплуатацию модификацию самолета- снаряда со складывающимися консолями крыла. Увеличенный запас топлива обеспечивал дальность полета 140-160 км. За счет повышения давления топлива перед форсунками добились надежного запуска двигателя на высоте 7000 м; отрабатывались пуски с высоты 10.000 м. Однако все эти усовершенствования мало сказались на реальных боевых возможностях комплекса. Аппаратура наведения не позволяла реализовать дальность пуска более 90-100 км, при пусках с высот более 6000 м самолет-снаряд проходил по траектории, слишком близкой к носителю. Кроме того, для обеспечения управляемости при пусках в разреженном воздухе больших высот носитель вынужден был увеличивать скорость. В результате за время полета самолета-снаряда Ту- 16, осуществляя наведение и подсветку цели, пролетал большее расстояние и вынужден подходить к ней на расстояние 24 км – почти вдвое ближе, чем при пуске с высоты 2000 м – оказываясь в зоне поражения уже достаточно массовых американских корабельных зенитных ракетных комплексов тех лет.
Более плодотворной оказалась деятельность авиаторов по отработке группового пуска самолетов-снарядов. Были освоены приемы, обеспечивающие последовательный ввод обоих самолетов-снарядов в луч РЛС и их одновременное наведение. В дальнейшем в ряде случаев удавалось обеспечить и наведение одним самолетом трех самолетов снарядов с трех носителей. После 1961 года с поступлением в части доработанной помехоустойчивой аппаратуры стало возможным наведение до 8 самолетов снарядов на одну цель при работе нескольких самолетных РЛС на одной и той же частоте [3].
На заводе №22 в Казани выпустили 107 ракетоносцев Ту-16К (Ту-16КС, самолетов «НКС») , что позволило сформировать еще один – 5 ый минно-торпедный полк на Черном морс, а затем части на Севере и на Тихом океане. К концу пятидесятых годов на всех флотах было пять полков с «Кометой». В первой половине шестидесятых годов до 40 Ту-16КС с соответствующим комплектом самолетов-снарядов направили в Индонезию. В дальнейшем Ту-16 и самолеты-снаряды передали индонезийцам.
Боевую подготовку экипажей ракетоносцев обеспечивали самолеты-дублеры МиГ-17СДК. Оснащенный аппаратурой, аналогичной К-1, самолет- дублер входил в луч РЛС ракетоносца, осуществлял наведение по лучу, переходил на самонаведение. Тем самым экипажи носителей отрабатывали все необходимые операции, за исключением собственно старта КС и попадания в цель. МиГ-17 был вдвое тяжелее КС и, конечно, н и кто и не пытался подвешивать его под крыло ракетоносца.
Самолеты-дублеры также принимали участие в испытаниях комплексов, создававшихся на базе «Кометы», но предусматривающих пуск ракет не с самолетов, а с наземных и корабельных пусковых установок.
После успешною завершения испытаний авиационной «Кометы» в начале 1953 года руководство Минавиапрома предложило разработать на ее базе береговой ракетный комплекс. При наличии такого «почти готового» комплекса решили отказаться оттянувшейся еще с апреля 1948 г. разработки специально для береговой обороны ракеты «Шторм» с активной радиолокационной головкой самонаведения, проводившейся на заводе №293 под руководством М.Р. Бисновата в условиях, намного менее благоприятных в сравнении с работами СБ-1 по «Комете». Руководствуясь известным принципом «..мы разрушим, а затем…» в качестве первого шага Постановлением №531 271 от 19 февраля 1953 г. работы по «Шторму» прекратили, а коллектив Матвея Рувимовича, смотревшийся весьма неопрятно на фоне всенародной борьбы с «космополитизмом» и «врачами -убийцами» – расформировали.
Но случилось это уже буквально в последние дни уходящей эпохи. Вскоре руководство страны сосредоточилось на решении важнейших кадровых вопросов и лишь через год смогло вновь обратиться к укреплению береговой обороны.
21 апреля 1954 г. по Распоряжению Совета Министров №3346/РС началась разработка системы реактивного вооружения «Стрела». Работы велись применительно к созданию стационарных, хорошо защищенных береговых объектов, вызывающих невольные ассоциации с фантастикой Жюль Верна или отснятого в те годы фильма «Тайна двух океанов».
При переходе к наземному старту потребовалась определенная доработка как самолета-снаряда, так и аппаратуры наведения. При расположении берегового комплекса на невысоком берег у отслеживающий цель луч РЛС распространялся вдоль водной поверхности. При сохранении схемы наведения КС неизменной самолет-снаряд неизбежно нырнул бы в волну. Поэтому наведение по лучу осуществлялось только в азимутальной плоскости, а высота на среднем участке траектории при полете со скоростью 1120 км/час посредством автопилота АП-С поддерживалась постоянной – около 400 м вплоть до начала самонаведения с пологим пикированием на цель.