Все годы войны успешно внешнюю разведку возглавлял Павел Михайлович Фитин. По линии нелегальной разведки работу вел Александр Михайлович Коротков, а во главе немецкого направления был поставлен Павел Матвеевич Журавлев, работавший с 20-х годов в европейских странах.
Возглавил работу в тылу немецких войск на временно оккупированной советской территории опытный разведчик Павел Анатольевич Судоплатов.
Фактически на плечи этих чекистов-разведчиков и их заместителей легла вся тяжесть ответственности за деятельность разведки госбезопасности в течение всей Великой Отечественной войны.
В это время разведка даже не имела статуса самостоятельного управления в системе госбезопасности страны. Она оказалась крайне малочисленной и была лишена возможности докладывать свою разведывательную информацию от зарубежных источников непосредственно руководству государства.
Положение усугублялось и тем обстоятельством, что руководство страны считало: разведка якобы «засорена» предателями, иностранными шпионами и ей доверять опасно. И в первые полгода-год, фактически до Сталинградской битвы, к информации разведки относились не с полным доверием.
Когда разведка в системе НКВД получила статус управления (август 1941 года), ее центральный аппарат насчитывал всего 248 человек, в ноябре 1942 года – 135. И только в мае 1943 года он возрос до 200 сотрудников.
В первые дни войны задачи разведки были сформулированы в соответствии с тяжелым положением дел на советско-германском фронте:
• наладить работу по выявлению военно-политических и других планов фашистской Германии и ее союзников во время войны;
• создать и направить в тыл противника специальные оперативные отряды для осуществления разведывательно-диверсионных операций;
• оказывать помощь партийным органам в развертывании партизанского движения в тылу врага;
• выявлять истинные планы и намерения наших союзников, особенно США и Англии, по вопросам ведения войны, отношения к СССР и проблемам послевоенного устройства;
• вести разведку в нейтральных странах (Иран, Турция, Швеция и др.) с тем, чтобы не допустить перехода их на сторону «оси», парализовать в них подрывную деятельность германской агентуры и организовать разведку с их территории против фашистской Германии и ее союзников;
• осуществлять научно-техническую разведку в развитых капиталистических странах в целях укрепления военной и экономической мощи СССР.
Обширность задач, определенных в июле 1941 года, фактически стала программным и основополагающим указанием в работе разведки на всю войну, даже через полгода (встреча Сталина с резидентом в США Зарубиным), к февралю 1942 года (после Битвы за Москву) и после двух лет войны (Сталинградская битва и накануне Курского сражения).
По линии НТР к концу войны получили развитие пять направлений в работе, известных под кодовыми названиями: «Энормоз» (атом), «Воздух» (авиация), «Радуга» (радиолокация), «Зелье» (ВВ), «Парфюмерия» (ХБО). Результатом стал конкретный вклад в дело усовершенствования вооружения наших войск и появления новых его видов на советско-германском фронте.
Перестроив работу на военный лад, внешняя разведка сумела начать обеспечивать ГКО СССР ценной разведывательной информацией, получаемой из-за рубежа.
В годы войны за кордоном действовало свыше 90 разведточек – легальных и нелегальных резидентур и агентурных групп. Работу их обеспечивал Центр – Первое (разведывательное) управление НКГБ – НКВД. В начальный период в управление входили отделы, в задачу которых вменялась организация разведработы в следующих регионах: центрально – и западноевропейском, балканском, скандинавском, англоамериканском, дальне – и средневосточном.
С началом войны руководство разведки приняло срочные меры по созданию нелегальных резидентур в Германии, странах-сателлитах и оккупированных ею государствах.
О масштабах этой работы говорят следующие данные: за три года войны в 27 стран было переброшено 190 разведчиков-нелегалов, агентов-нелегалов, спецагентов. Непосредственно в Германию, союзные с ней и захваченные страны – 97 нелегалов 16 национальностей, включая граждан СССР, немцев, австрийцев, французов, испанцев, итальянцев, скандинавов, граждан будущих соцстран и народов Балканского полуострова.