В Петербурге архимандриту Макарию удалось собрать и отправить на Алтай 600 рублей, а в Москве, благодаря помощи Филарета, круг жертвователей значительно расширился. Многие из сочувствующих миссии, такие как графиня Е. П. Глебова-Стрешнева, стали постоянными меценатами и помощниками Алтайской миссии.
В столице архимандрит Макарий запасался семенами, агрономическими книгами и журналами для Алтая, но главное, ему удалось найти двух надежных людей, пожелавших вместе с ним отправиться в Сибирь. Это были студент ветеринарного отделения Московской медико-хирургической академии Артемий Левицкий (впоследствии игумен Акакий, который всю оставшуюся жизнь прожил на Алтае) и молодая женщина
Софья де Вальмон, желавшая «принести себя в жертву Богу».
В Казани, по пути в Сибирь, Софья де Вальмон, дававшая прежде частные уроки в аристократических семействах, специально прошла акушерские курсы. Со стороны отца Макария это был смелый и тоже новаторский шаг – привлечь к работе миссии женщину, но риск оказался оправдан. Софья де Вальмон несколько лет работала в Майме учительницей, сиделкой и акушеркой в миссионерской больнице. От нее местные жительницы учились уходу за детьми и ведению домашнего хозяйства.
Алтайская миссия постепенно расширялась, появлялись все новые люди, горевшие желанием проповедовать Христа: иеромонах Анастасий, ссыльный дьячок Петр Торбаев, крестьянин Филипп Гилев, участник войны 1812 года, отставной унтер-офицер Архип Орлов, ученик Томского духовного училища Тимофей Экзерцев.
На привезенные из Москвы средства миссионеры устроили третью походную церковь, открыли школу для девочек. Архимандрит Макарий в письмах просил митрополита Филарета прислать ему еще кого-нибудь в помощь. «О вашей нужде в людях говорил я в Св. синоде, – честно писал ему Филарет. – Сказали: должен помочь епархиальный преосвященный. Подлинно, нам послать к вам кого-нибудь силою и неудобно, и бесполезно…»
У архимандрита Макария даже возникла мысль привлечь к миссионерской работе проживающих в Сибири декабристов, но Филарет отнесся к этой идее неодобрительно, сказав: «теперь еще не время» и надо дождаться, когда бунтовщики «принесут плоды покаяния».
После неудачи в Петербурге архимандрит Макарий с новым энтузиазмом взялся за переводы Ветхого Завета.
Постановлением Синода от 14 апреля 1839 года по поводу миссионерского проекта было определено «прошение миссионера архимандрита Макария оставить без действия», а все его рукописи переводов после оценки экспертов были «сданы в архив для хранения с прочими подобными сочинениями».
«Алфавит Библии» с текстами переводов глав из Ветхого Завета на русский язык тем более не был разрешен к напечатанию.
Архимандрит Макарий еще раз написал настойчивое прошение в Синод о необходимости издания его переводов. Из Петербурга в Сибирь пришел очередной отказ, и на этот раз определением Синода от 11 апреля 1841 года на архимандрита Макария за его упорство была наложена епитимья: «Назначить ему при доме томского преосвященного епитимью сроком от трех до шести недель, по усмотрению преосвященного, чтобы молитвой с поклонами он очистил свою совесть».
В конце 1841 – начале 1842 года архимандрит Макарий несколько недель отбывал епитимью в доме епископа Афанасия (Соколова), который устроил ему вполне «благосклонный и братолюбивый прием». В распоряжение отца Макария была предоставлена хорошая библиотека с различными изданиями Библии на еврейском и греческом языках, и миссионер не терял времени даром.
Через год отец Макарий получил еще одну епитимью за попытки издать «Алфавит Библии».
Время доказало его правоту. Когда в 1858 году при царе Александре II были разрешены перевод и печатание всего Священного Писания на русском языке, о переводах отца Макария вспомнили, и они были использованы при работе над синодальным изданием Библии. Как всегда, он обогнал свое время…
В письмах архимандрит Макарий все чаще жаловался на плохое состояние здоровья, особенно на плохое зрение. «Умоляю всеблагого Отца небесного даровать мне силы и поддержать угасающее зрение», – писал он Глебовой-Стрешневой.
В 1842 году архимандрит Макарий подал прошение в Синод об освобождении его с поста начальника Алтайской миссии. Для многих это стало большой неожиданностью, ведь начальник миссии не раз говорил о желании «сложить свои кости на Алтае», а теперь просил, чтобы его отпустили совершить паломничество в Иерусалим – должно быть, он собирался на Святой Земле завершить свои труды по переводу Ветхого Завета. Или же имел какие-то другие планы?
Неслучайно Филарет Московский называл своего ученика «романтическим миссионером».