Власти СССР и в эти годы готовились к войне, поэтому студенты были обязаны в течение нескольких месяцев проходить военную подготовку: «Вот уже две недели, как я действую в роли солдата. Не сказал бы, чтобы это было похоже на курорт, но не так уж это ужасно, как рассказывал Глеб. Жизнь наша примерно такого характера. В семь часов орут подъем. Нужно моментально встать, одеться, умыться и пр. Потом сорок пять минут бегать и на турнике. Это не доставляет мне никакого удовольствия. Счастье, что погода не очень жаркая. Потом – учения. Бесконечные маршировки по пыльным дорогам, с шинелью, лопатой, автоматом и противогазом. В кирзовых сапогах. 14-го числа приняли военную присягу. Все время на стрельбище. Палим из всех видов оружия. Целые дни на полигоне. В долине между гор часто ночные занятия. Стрельба, ракеты, атаки, танки и пр. Это довольно интересно. Личного времени нет. То оружие чистим, то муштра, то учения. Но я умудряюсь и читать и даже писать. Приходится урывать по пять минут в окопах. Выроешь, замаскируешься, поставишь автомат и понеслась. Без сумки очень плохо. Даже Библию мою портативную некуда класть. Но теперь ношу ее с разрешения командира взвода под гимнастеркой. Даже ходил с ней раз пять в атаку»6.
Жизнь в провинциальном Иркутске заметно отставала от столичной: «Я увлекаюсь только приемником. Вечером мы с Глебом включаем неплохую музыку и даже заграничные станции на английском и пытаемся разобрать. Так как мы далеко и к нам заходят редко, я сделал в комнате обстановку и оформление согласно своим вкусам. Совершенно свободно. Между прочим, я с каждым днем все более и более убеждаюсь, что попал лет на двадцать пять назад. Такие здесь дикие представления, предрассудки и нравы. Даже в местных газетах появляются такие статьи, которые позднее 1930 года в Москве не могли бы появиться. Но это как обычно. Провинция в хвосте. Трамваев приходится ждать, и посадка на них такая, как у нас во время войны. Люди здесь пьют немало. Например, на сегодняшний вечер, как мне сказали, девушки потребовали, чтобы на каждого было не менее литра. Я же, напротив, здесь совсем не пью. Одним только заразился. Говорю «однако» чаще, чем нужно, как здесь все говорят. Вообще, наш московский выговор резко отличается от местного. Но в здешней отсталости есть и плюсы. Например, кроме журналов, которые я тебе как-то показывал, я здесь свободно достаю много других изданий того же рода. В Москве было трудно, т.к. сразу расхватывали»7.
Глеб Якунин уже в те годы отличался свободомыслием и умел отстаивать свои права: «На Первое мая у нас вдруг выпал снег. А мы с Глебом рванули на Байкал. Ехали в полукрытой машине. Промокли и замерзли. Но было очень весело. Глеб отчаянно бьется, но ему не хотят давать свободного диплома. Но я думаю, что он выиграет, т.к. его справки вполне достаточны». Тем не менее, получить свободное распределение после окончания института было очень трудно: «Мы с Глебом тут замыслили одну аферу. У него скоро практика. Он выпросил у декана разрешение поехать в Приокский (заповедник – С.Б.) Это значит – почти Москва. Я же хочу осуществить это летом. Не знаю, что выйдет, но надеюсь на это очень. Это вообще мечта. Комментарии излишни. И ты сможешь ко мне приехать. Но это только проекты, которые хранятся в тайне, а то любители набегут кучей. Как у вас весной сессия и каникулы? Сюда в Иркутск приехали какие-то товароведы с IV курса. Французские фильмы пошли у нас. Я пока только «Жюльетту» посмотрел. Такое расписание, что и в кино-то теперь сходить невозможно. Я смотрел «Жюльетту» с удовольствием, потому что очень устал (мозгами) и был очень доволен, что все ясно и думать не нужно. Я почти все свободное время провожу в библиотеке. Там столько замечательных книг, что я глотаю, конспектирую. Еле успеваю. Работа моя за три месяца продвинулась на двести страниц»8.
«Глеб фактически кончил. Но у него лажа. Он завалил один госэкзамен. Придется сдавать в будущем году. Это секрет от всех, так что никто не должен знать»9, – писал Александр Мень невесте. Учась в институте, он активно работал и формировался как духовный писатель. Уже тогда задумал создать серию книг, в которых прослеживались бы духовные искания человечества. В 1954 году закончил работу над первым томом – «Исторические пути христианства. Древняя Церковь».