В связи с планировавшимся скорым построением в СССР коммунизма, согласно планам Н.С. Хрущева, в ВУЗы с 1956 года был введен новый предмет – «Научный атеизм». Предмет ввели, а педагогов, которые бы могли качественно преподавать эту странную науку, не подготовили. Не было и учебников. Студентам-однокурсникам Александра Меня все это серьезно докучало, тем более, что нужно было готовиться к дипломным работам. Поэтому, зная осведомленность Александра в философии, они просили его дискутировать на занятиях. Дискуссии часто заканчивались полным фиаско преподавателя, который затаил злобу против неординарного студента. И как только представилась удобная возможность, он включился в травлю, приведшую к отчислению Александра Меня из института.
Сокурсники знали о его христианских убеждениях, но относились к ним с уважением. Красивый, умный Александр неплохо играл на гитаре и пел. Девушки оказывали всевозможные знаки внимания, но он лишь отшучивался. Досаждали и друзья, уговаривая его жениться. Времени почти не было – он совмещал учебу с писательским трудом, хотя в тот момент студенты находились на сельхозработах. В это время после работы студенты обычно активно общались, дурачились, отдыхали на полную катушку. Его однокурсница вспоминала: «Учеба в институте не была для Меня просто необходимостью получить высшее образование; это была страсть к биологии, возможно, и способ, метод познавания человеческого бытия… Учился Алик хорошо, прогуливал меньше других, религиозную пропаганду среди студентов не вел, открытых учеников-последователей не имел»10.
О том, что за отцом Александром осуществлялся пристальный надзор со стороны партаппаратчиков и КГБ, свидетельствует разговор с митрополитом Палладием (Шерстенниковым)11 в 1968 году в Совете по делам религий, в ходе которого они живо интересовались прошлым двух священников – Александра Меня и Глеба Якунина. Во второй половине 50-х годов оба учились в Иркутске, а архиепископ Палладий в этот период возглавлял Иркутскую епархию. Во время учебы в Иркутске Александр Мень изредка прислуживал в кафедральном соборе и работал в епархиальном управлении истопником. Отец Александр позже вспоминал о служении архиепископа Палладия в Иркутске: «Приехав в 1955 году в Иркутск, я в один день посетил собор и баптистское собрание. Контраст был разительный. Полупустой храм, безвкусно расписанный, унылые старушки, архиерей, рычащий на иподиаконов, проповедь которого (очень короткая) напоминала политинформацию (что-то о Китае), а с другой стороны – набитый молитвенный дом, много молодежи (заводской), живые, прочувствованные проповеди, дух общинности; особые дни молодежных собраний, куда меня приглашали. Старухи у нас гонят, а тут меня приняли прекрасно, хотя я сказал, что православный»12. Тетушка отца Александра, Вера Яковлевна Василевская, занималась с проблемными детьми, а во время отпуска навещала племянника в Иркутске.
Видимо, в этот период она встречалась с владыкой Палладием, который почему-то считал ее биологом.
Там же Александр Мень познакомился с католическим священником: «В самый разгар изучения католичества (в 1956-57 годах) я в свободное от занятий в институте время работал в Епархиальном управлении истопником и близко соприкоснулся с разложением около архиерейского быта, которое очень меня тяготило. Но соблазн счесть нашу Церковь мертвой меня, слава Богу, миновал. Хватило здравого смысла понять, что церковный маразм есть порождение уродливых условий, а с другой стороны, я уже слишком хорошо знал (изучая Средние века) теневые стороны жизни и истории западных христиан. Как бы в подтверждение этому мне была послана удивительная «случайная» встреча. Я познакомился в Сибири с молодым священником-католиком, который учился в Ватикане и только что приехал с Запада. Его рассказы и книги, которые он привез с собой, открыли мне много замечательного и интересного, но сам он, мягко выражаясь, не мог вдохновить. Не буду писать о нем. Он много бедствовал и еще служит где-то в провинции. Одним словом, я понял, что маразм есть категория интерконфессиональная, а не свойство одного какого-то исповедания»13.