Вся дальнейшая история Реформации показала правоту Кальвина и ошибочность мнения его противников. Догмат о предопределении не стал в кальвинизме источником фатализма. Напротив, он укреплял души, закаляя их для испытаний, наполнял их героическим энтузиазмом, всячески содействуя развитию личной и частной инициативы. Вообще, это положение, став основой мироощущения нарождающейся буржуазии, сыграло в духовной, политической и экономической жизни Европы огромную и многогранную роль. Из учения Кальвина, между прочим, вытекало и то, что буржуазия должна занимать в обществе первенствующее положение, так как является наиболее преуспевающей (и потому угодной Богу) его частью. Не случайно кальвинизм послужил основой для многих теорий революционного переустройства государства во времена буржуазных революций в Голландии и Англии.
Учение о божественном предопределении составило фундамент, на котором были построены богословская система Кальвина и его представление о церкви.
Фактически, писал он, к истинной церкви принадлежат одни только избранные, но так как в этой жизни нельзя знать, кто избран, а кто нет, то видимая земная церковь включает в себя всех христиан. В ее устройстве Кальвин отвергал как церковную иерархию, так и духовенство. Церковная власть в данной местности должна принадлежать всем членам данной общины. Каждая община сама организует церковное управление и охраняет свою веру. Она же избирает из своего числа проповедников (пасторов). В реформе богослужения Кальвин шел гораздо дальше Лютера. Все, что хотя бы отдаленно напоминало старое суеверие, должно было изгоняться с беспощадной строгостью. Кальвин требовал отмены католической мессы; удаления из храмов икон, статуй, мощей святых; отмены всех церковных праздников, кроме воскресения, изгнания музыки. Его религия была религией духа, не нуждавшейся ни в каких внешних формах. В определении роли светской власти Кальвин также расходился с Лютером. Если последний однозначно подчинял церковь государству, то Кальвин старался связать их в одно целое, в котором, однако, преобладал теократический элемент. Он считал, что правительство, повелевая телами людей, не имеет власти над их совестью и не должно присваивать себе авторитет в делах веры. Однако из сказанного не следовало, что светская и духовная власть существуют совершенно отдельно друг от друга. Государство должно поддерживать деятельность церкви, проникаться ее духом и следовать ее внушениям. (Эта теократическая идея была, по существу, заимствована Кальвином из католичества.)
После выхода в свет «Наставления» Кальвин некоторое время прожил в Италии при дворе герцогини Феррарской. Затем он ненадолго съездил во Францию, чтобы уладить свои домашние дела. Отсюда он решил уехать в Базель, чтобы поселиться в нем навсегда. Однако из-за войны попасть туда обычным путем через Лотарингию оказалось невозможно. Пришлось добираться в обход через Савойю. Таким образом Кальвин проездом оказался в Женеве, которая переживала тогда не лучшие времена.
Этот город только недавно освободился от власти савойских герцогов. Новый республиканский порядок еще не успел здесь утвердиться. На фоне сильного недовольства народа царил дух враждебных партий, которые вели между собой мелочную борьбу за места в совете. В еще большем беспорядке находилась церковь.
В 1535 г. под руководством протестантского проповедника Гильома Фареля в Женеве началась Реформация. Католическое богослужение было уничтожено, священники и монахи изгнаны, во всех церквах раздавалась евангелическая проповедь. Однако новая протестантская церковь так и не сложилась. Не было ни порядка в богослужении, ни ясной формулы веры. Народ в большинстве своем не знал евангелия. Как всегда бывает в переходные периоды, произошло резкое падение нравственности, что для Женевы, жители которой и до этого никогда не являлись образцом морали, означало подлинный разгул порока.
Кальвин, как уже говорилось, попал в Женеву проездом и рассчитывал пробыть здесь всего один день. Но случилось иначе. Фарель, узнав о его приезде, стал умолять Кальвина остаться. Он чувствовал всю шаткость своего положения и отчаянно нуждался в деятельных помощниках. Кальвин долго отказывался от этого предложения, в котором не находил для себя ничего заманчивого, но в конце концов должен был уступить. Он начал с того, что стал читать в соборе Св. Петра лекции о некоторых книгах Нового Завета и тем временем осматривался по сторонам.