В основе теологической системы Кальвина лежит безусловный авторитет Священного Писания. По его мнению, Бог раз и навсегда выразил Свою волю в библейских книгах, и вся жизнь человечества — не только религиозная и нравственная, но также политическая и церковная — должна быть строго согласована с буквой этого закона. Церковная традиция для него пустой звук. Отцы церкви имеют значение лишь в той степени, в какой их учение соответствует прямому смыслу Писания.
Христианство в его учении становится, таким образом, «религией книги», неизменной и неподвижной, как иудаизм, раз и навсегда заключенной в тесные рамки Священного Писания.
Положение об оправдании верой, об абсолютной невозможности для человека собственными усилиями добиться спасения — этот центральный пункт Лютеровской догматики — занимает у Кальвина также выдающееся место. Как уже говорилось, положение это возникло как протест против католического учения о добрых делах, под которыми разумели почти исключительно дела внешнего благочестия. Лютер ополчился против крайностей этой теории, приведшей к позорной торговле индульгенциями. Он доказывал, что добрых дел недостаточно, что спасти человека может только вера, одна вера в искупительный подвиг Христа. Но в то же время он полагал, что вера не является для человека предметом свободного выбора и приходит к нему только вследствие Божьей благодати (под благодатью в католической традиции понималась посылаемая людям свыше помощь Бога, даруемая независимо от человеческих заслуг). Это учение, найденное им в сочинениях св. Августина и уже заключающее зачатки предопределения, германский реформатор постарался все-таки примирить со свободной волей человека. Кальвин в данном вопросе пошел гораздо дальше. С беспощадной логикой он доказал, что если вера есть лишь действие благодати, если человек сам, без божественной помощи, не может спастись, то из этого следует, что как спасение, так и неспасение его зависит исключительно от божественной воли, что свободы воли нет и не может быть, что допускать последнюю — значит ставить Бога в зависимость от человека.
Человек существует лишь для прославления величия Бога, который одних, для возвеличения своего милосердия, предопределяет к спасению, других — для возвеличения своей справедливости — к проклятию. Поскольку истинно верующим может быть лишь тот, кто «избран», то спасение, по большому счету, не зависит даже от веры. Бог, не обращая внимания на заслуги, руководствуясь только Своей вечною, неизменною, непостижимою для нас волей, одних назначает для спасения, а других — «еще раньше, чем они совершили что-либо хорошее или дурное» — осуждает на вечное проклятие. И при этом Он не ограничивается в отношении заранее осужденных одним только попустительством зла — Он сам, ожесточая их сердца, толкает этих обреченных ко злу. Божественная воля не знает ни перемен, ни колебаний. Кто раз был записан в книгу жизни, тот не может быть вычеркнут из нее; кто владеет божественной благодатью, тот никогда не утратит ее, несмотря на все свои заблуждения. Только для избранных имеет значение молитва, вера, страх Божий. Тот же, кто записан в книгу смерти, остается неизменным «сосудом гнева Божия», и все, даже его добрые дела, ведет его к проклятию. Его добродетели, его вера — призрачны, спасение для него невозможно.
С этим догматом предопределения Кальвин связывал свои суровые требования относительно нравственной жизни и своего рода аскетизма. На первый взгляд, одно вовсе не следовало из другого. В самом деле, из идеи безусловного предопределения, по-видимому, следовало совершенно противное, а именно, безразличный взгляд на нравственную жизнь, ибо, если изначально и безусловно верующий предопределен ко спасению, то он и получит это спасение необходимо, какова бы не было его поведение в этом мире. Вот почему еще при жизни Кальвина его теорию порицали преимущественно с практической стороны. Один из современных Кальвину богословов писал, что Бог его есть бог разврата, душегубства и всякого зла, что его доктрина годится для воров, разбойников и им подобных. «Да заградит Всевышний уста твои, сатана», — отвечал ему Кальвин и доказывал, что его догмат, напротив, в высшей степени полезен для нравственности, ибо только при его догмате предопределения и возможна истинная, бескорыстная добродетель, основанная не на ожидании наград и наказаний, а единственно на преданности Божеству. Хотя, говорил он, предначертания Бога неизвестны людям, которые бессильны изменить их своими поступками, но они могут догадываться об уготованной им участи по тому, как складывается их жизнь на земле. Если они преуспевают в своей профессиональной деятельности, если они добродетельны и набожны, трудолюбивы и покорны властям, это служит внешним показателем благоволения к ним Бога. Поэтому истинный христианин должен целиком отдаться исполнению своего долга, пренебрегать комфортом, презирать наслаждения, быть бережливым хозяином и твердо следовать по тому пути, который указал Господь в Своем законе.