В 1531 г. отец Кальвина умер, и тот, немедленно оставив юриспруденцию, принялся под руководством немецкого гуманиста Мельхиора Вольмара изучить греческий язык и классические древности. Вольмар, приверженец новых реформационных идей, оказал на Кальвина огромное влияние. Считается, что именно он впервые поставил перед пытливым юношей многие богословские вопросы, разрешая которые Кальвин в дальнейшем порвал с католичеством. Но это произошло не сразу. Кальвин с головой уходит в изучение Библии, читает все сочинения реформаторов, которые можно было достать, и вскоре полностью принимает основное положение в учении Лютера — об оправдании верой. Однако в это время он еще не думал публично отстаивать свои взгляды и не предполагал посвятить свою жизнь реформированию церкви, а мечтал о карьере ученого-гуманиста. Вернувшись в Париж, он в 1532 г. выпустил в свет свое первое сочинение — комментарий к трактату Сенеки «О кротости». Книга имела успех, но Кальвин так и не вступил на научное поприще. Богословские проблемы властно завладели всем его существом, так что он уже не мог отвлекаться ни на что другое.
В отличие от Лютера, Кальвин никогда не рассказывал, каким образом произошло его обращение. Лишь в предисловии к комментарию Псалмов он упоминает о том, что истина сразу как молния озарила его. «И тогда я понял, — пишет Кальвин, — в какой бездне заблуждений, в какой глубокой тине погрязала до тех пор моя душа. И тогда, о Боже, я сделал то, что было моим долгом, и со страхом и слезами, проклиная свою прежнюю жизнь, направился по Твоему пути». В то время в Париже уже существовала небольшая евангелическая община сторонников Реформации.
Сблизившись с этими людьми, Кальвин, несмотря на свою молодость, вскоре стал их духовным лидером «Все, что было предано новому учению, — вспоминал он позже, — собиралось вокруг меня, чтобы поучиться у меня, неопытного молодого человека». Первое время протестанты ограничивались тем, что распространяли свои идеи частным образом.
Потом появилось желание публично и официально заявить о своих взглядах. Повод для такого обращения вскоре представился. В октябре 1533 г. друг Кальвина Николай Коп, избранный ректором Парижского университета, готовился произнести обычную в таком случае публичную речь. Кальвин написал для него небольшое сочинение «О христианской философии», в котором под очень прозрачным покровом проводился основной принцип Лютеровой теологии — об оправдании верой. Коп зачитал кальвиновскую речь перед большой и представительной аудиторией Этот смелый вызов, брошенный католицизму, наделал много шума и сильно навредил делу Реформации. Если до этого власти сквозь пальцы смотрели на деятельность протестантов, то теперь на них обрушились преследования. Коп бежал в Базель. Был издан указ об аресте Кальвина. Но, когда полиция пришла его арестовывать, он выскочил через окно на улицу. Покинув столицу, он под чужим именем вел скитальческую жизнь в Южной Франции и наконец нашел убежище при дворе Маргариты Наваррской. Та приняла Кальвина с большим радушием и сумела уладить дело об университетской речи. Беглец получил разрешение вернуться в Париж.
Впрочем, долго оставаться здесь оказалось опасным. В 1535 г. во Франции началась настоящая охота на протестантов. Шесть их проповедников были публично сожжены.
Кальвин решил оставить отечество и отыскать какой-нибудь уединенный уголок, где бы он мог в полной безопасности отдаться своим теологическим работам. Таковым поначалу стал для него Базель, давший приют многим французским протестантам. В Швейцарии Кальвин, установивший связи со своими единоверцами, участвовал во французском переводе Библии, затеянном его родственником Оливетаном. Но вскоре все его внимание поглотила работа над трактатом «Наставление в христианской вере», которому суждено было стать самым прославленным и самым читаемым из его творений. Первое издание объемом в 500 страниц вышло в Базеле 1536 г.
Затем одно переиздание «Наставления» следовало за другим, и каждый раз объем книги увеличивался: Кальвин постоянно возвращался к своему любимому труду, шлифуя детали, усиливая доказательства и пополняя пропуски. «Наставление в христианской вере», бесспорно, является самым выдающимся произведением эпохи Реформации, своего рода «основой основ» всего протестантского мироощущения.
Мысль изложить в строгом порядке начала протестантизма являлась уже и до Кальвина. За эту задачу брались такие известные деятели Реформации, как Меланхтон, Цвингли и Фарель. Однако ясной, обоснованной в деталях, отчетливой формулы веры, способной противостоять создававшейся веками католической доктрине, они так и не смогли построить. Это удалось сделать только Кальвину.
Его светлый ум, его беспощадная логика позволили ему добиться успеха в том, в чем не смогли преуспеть его старшие годами предшественники.