Разногласия и трения под Уфой обеспокоили Пугачева, и он, воспользовавшись тем, что в это время на Воскресенском заводе находился Чика-Зарубин, назначает его главным начальником, командующим всеми силами, которые имелись и будут собраны потом под Уфой.
Зарубин, человек еще молодой (ему было 36—37 лет), энергичный п решительный, умный и самостоятельный во мнениях и решениях, быстро взялся за дело. Взяв себе в помощники Илью Ульянова, 30 рабочих Воскресенского завода, он направился к северу. По дороге набрал до 500 человек и 14 декабря прибыл в Чесноковку. Имея полномочия чрезвычайные, относящиеся ко всей Башкирии и Уралу, Чика, получив к тому же от Пугачева повеление именоваться «графом Иваном Чернышевым», создал и возглавил второй повстанческий центр, смело и самостоятельно руководивший восстанием в очень обширном районе.
В первую очередь Зарубин навел порядок в повстанческих войсках и отрядах, особенно под Уфой. Прекратил быстро и решительно конфликты на национальной почве. Его приказ от 14 декабря на этот счет получил походный старшина, «государю верный слуга» Аиса на Воскресенском заводе — он должен был повстанцев «в хорошем порядке» «утверждать», не допускать, чтобы башкиры, мишари, татары обижали подданных «Петра Третьего». Через четыре дня Военная коллегия из Берды послала о том же указ Зарубину, поддерживая его меры. В нем перечислялись грабежи и убийства «башкирских и мещерятских команд» в русских селениях. От них страдали не только русские помещики, но и их «люди», то есть крестьяне. Коллегия приказывала вернуть крестьянам «разграбленное имение», а впредь таким «злодеям», то есть обидчикам, чинить смертную казнь.
Зарубин, пресекая подобные действия команд Качкина Самарова, Канбулата Юлдашева, тем не менее, наведя порядок, не только не отстранил их от командования, но и сделал их своими ближайшими помощниками.
Зарубин, действуя с согласия Пугачева, при его полном доверии, развернул деятельность в разных направлениях: формирование и вооружение повстанческого войска и многих отрядов на местах, руководство их действиями, особенно под Уфой, налаживание отношений с нерусскими отрядами, народностями, организация новой выборной власти восставших в захваченных ими местностях, распределение продовольствия, пресечение мародерства, посылка в Берду, к Пугачеву, людей, вооружения, боеприпасов, провианта. При нем в Чесноковке сложился своего рода военный и административно-финансовый центр, штаб по руководству движением в Башкирии, на Урале, в Западной Сибири. Чесноковка стала второй Бердой, а его войско — второй армией восставших.
Предводитель чесноковского центра имел помощников, назначал полковников и атаманов, рассылал приказы, «наставления», которые скреплялись печатью с надписью: «Графа Ивана Чернышева печать». Все население после зачтения в церквах манифестов приводилось к присяге на верность императору Петру III. С каждого двора брался без всяких отговорок человек с оружием в войско восставших. К Зарубину и без приказов, добровольно, шли со всех сторон люди — крестьяне, работные люди, башкиры и др.
По прибытии Зарубина в Чесноковку восставших числилось до 4 тысяч человек. Недели через полторы их уже было около 10 тысяч, затем — 12 тысяч, даже до 15 тысяч. Чика посылал отряды по заводам, и они привозили оттуда все, что нужно. Так, Иван Степанович Кузнецов побывал на Саткинском, Златоустовском, Катав-Ивановском заводах, взял там и доставил под Уфу более 50 пушек, несколько сот ружей, до 100 пудов пороху, 10 тысяч рублей денег.
Повеления Зарубина, который приказывал местным повстанческим властям помогать населению (продовольствием и др.), выполнялось охотно. Ему повиновались беспрекословно, понимая, что он действует во имя интересов простых людей. В одном из наставлений, которое было выдано выборным на Рождественском заводе атаману Семену Ивановичу Волкову и есаулу Василию Меркульевичу Завьялову, «граф Чернышев» им указывает: