Со всех сторон власти получали донесения о выступлениях восставших. Они действовали, в частности, по рекам Белой и Ику. Майор Голов сообщил, что посланные им в разъезд со Стерлитамакской пристани два отряда по 100 человек и пикет в 50 человек на самой пристани перешли к пугачевцам. А «стоящие в деревне Ашкадар шестьсот человек башкирцы с их старшинами без всякого супротивления вдались в руки злодейския. И еще в деревне Стерлях находившиеся двести пятьдесят человек бежали и захвачены в злодейскую башкирскую толпу. А между тем их… собралось от Ашкадара чрез Стерлю и вниз Белой реки множественное число». В конце концов восставшие разорили Стерлитамак, а некоторых «воинских людей» и пушку, присланную из Казани, «увезли в толпу». Рейнсдорп получил извещение о сосредоточении большого числа башкир и русских (до 2 тысяч человек) «под предводительством неведомо каких трех русских старшин»; «и ожидают еще более с реки Ику, где их якобы многочисленно стоит с русскими». С одной стороны, разворачивалась совместная борьба русских и башкир. Но с другой — имели место случаи разорения повстанцами-башкирами русских деревень.
Повсеместное восстание привело к тому, что через Башкирию стало невозможно посылать почту в Оренбург. Курьеры ехали казахской степью до Орской крепости. Оттуда «охотники», если они находились, ночами по скрытным дорогам и тропам пробирались в осажденный город.
В восточную, горную, часть Башкирии Пугачев направил Салавата Юлаева. Он сделал молодого башкира-поэта (ему был примерно 21 год) полковником «по просьбе… бывших в его команде башкирцев». Его задача состояла в агитации и сборе отряда в районе Сибирской дороги. Салават, приехав в родные места, энергично агитирует среди населения, рассылает манифесты, призывает жителей включиться в восстание. Тех, кто оказывал сопротивление, он наказывал, вплоть до смертной казни.
В районе Казанской дороги активно включились в борьбу казаки из Нагайбацкой крепости по реке Ику. Большинство их состояло из новокрещеных башкир. При известии о том, что недалеко от их крепости появилась «Пугачева команда», они собрались на круг и решили «всем отдаться самозванцу без сопротивления». Вероятно, имелся в виду отряд башкирского сотника Бурзянской волости Ногайской дороги Караная Муратова (Мратова), которого Пугачев назначил сначала походным старшиной, затем полковником.
Действия восставших в районе Казанской дороги сковали силы генерала Фреймана, сменившего генерала Кара. Его отряд стоял в Бугульме на Новой Московской дороге. «Бунтующая башкирь» прервала все связи с Уфой. Из включенных в его отряд 2 тысяч башкир большинство перешло к повстанцам. У Фреймана осталось не более 300 башкир, но и на них надежды было мало.
Восставшие башкиры «безпрепятственно ездят везде», так как они воюют «всегда на переменных конех», в то время как команды, высылаемые Фрейманом, включали большей частью пехоту и потому «остаются без успеха».
Власти правильно заключили, что «обитающий в здешней Оренбургской провинции башкирский народ весь генерально взбунтовался»; «уфимские башкирцы все генерально взбунтовались…», заводам и помещичьим имениям «производят… грабежи и великия разорения, обольщая и преклоняя на свою сторону черный народ дачею вольности и всякой льготы». Бибиков писал в Сенат 6 января 1774 года, что восставшие башкиры действуют «под именем службы злодея Пугачева», а к «злодеям» склонен, «к несчастию, черной народ».
Характерно, что главное войско Пугачева под Оренбургом уже в середине ноября примерно наполовину состояло из башкир (5 тысяч человек, остальные — около тысячи яицких казаков, 400 илецких казаков, 700 ставропольских калмыков, около 3 тысяч солдат, татар, заводских крестьян, оренбургских казаков). Их команды получали задания в Берде и отправлялись в разные места Башкирии поднимать там восстание, вести агитацию. Направлял эту работу по приказу Пугачева полковник Кинзя Арсланов. Так, мишарского сотника Ногайской дороги Канзафара Усаева, которого тоже пожаловали в полковники, послал в Уфимский уезд «возмущать народы, набрать себе толпу и уверять, что он, Пугачев, — подлинно Петр Федорович, а противящихся вешать». В Уфимской провинции из более чем 125 старшин в восстании приняли участие 77 башкирских и 37 мишарских старшин. «Совсем не были причастны нынешнему возмущению» 12 старшин — 9 башкирских и 3 мишарских. В той или иной степени (прямое участие в повстанческих отрядах, материальная поддержка, сочувствие) более 16,5 тысячи дворов башкир, мишарей, ясашных татар той же провинции приняли участие в восстании; на каждый двор приходилось в среднем по трое взрослых мужчин. Такая картина характерна для всего башкирского народа — большинство его приняло сторону Пугачева.