Какая военная сила противостояла казачьим или другим организованным бандам? В основном стрельцы — первое регулярное русское войско; однако они могли параллельно заниматься ремеслом и торговлей — как и казаки; плюс ещё работали полицейскими и пожарными. (Подобным образом функционировала, например, Национальная гвардия во Франции времён Великой революции). В Москве были пешие и конные стрельцы, в других местах в основном пешие; вооружены были ружьями, а кое-где по старинке луками.
В мирное время стрельцами становились свободные «гулящие» люди и родственники стрельцов. В войну в стрелецкие полки призывали «даточных» людей, то есть отдаваемых от определённого числа крестьянских или посадских дворов. Стрельцы получали денежное и продуктовое обеспечение; средства на их содержание собирались в виде налогов с населения («пищальные деньги» и «стрелецкий хлеб»), каждый город содержал своих стрельцов. Долгое время стрельцы имели налоговые привилегии, но в 1649 году их отменили; постепенно стало сокращаться их жалованье. Причём в разинский период стрельцам более или менее нормально платили только в Москве. Воевода каждого иного города считал своим долгом на стрельцах сэкономить. Стрелецкие начальники, как правило, обращались со стрельцами отвратительно: вычитали из и так уменьшавшегося жалованья, избивали, вымогали взятки, посылали работать в своих дворах; добавим, что в отдалённые от Москвы города ссылали провинившихся стрельцов. Нечего удивляться, что стрельцы были неблагонадёжны. Потенциально это была взрывоопасная сила.
С 1630-х годов, то есть ещё при царе Михаиле Фёдоровиче, началась организация полков нового строя — солдатских, рейтарских и драгунских. Если не вдаваться в подробности, различались они тем, что солдаты были пехотой, рейтары — конницей, а драгуны — тем и другим вместе. Рядовой состав полков поначалу набирали из беспоместных дворян и свободных людей, потом — из даточных; командный состав сначала полностью был иностранным, позднее вырастили и своих командиров, но многие иностранцы остались. По-настоящему регулярными эти войска долго нельзя было назвать: в перерывах между войнами они распускались по домам. При Алексее Михайловиче призыв в полки нового строя стал пожизненным. Но сосредоточена эта сила была опять-таки в Москве. В другие города полки нового строя посылали лишь по необходимости.
Ещё были два «выборных» полка, разумеется московских: набирали в них и боярских детей, и казачьих, и вольных людей, и даточных; они получали за участие в боевых действиях денежное вознаграждение и земельные наделы. Если стрельцы были самой ненадёжной силой, то выборные полки — самой надёжной. Возможно, не будь их, история пошла бы по-другому. Кроме вышеописанных родов войск в Москве существовали ещё поместная конница — элитарное войско, состоящее из дворян, и жильцы, выполнявшие охранные функции и разные поручения; совершенно отдельной военной кастой были пушкари, которые передавали свои должности по наследству; были, наконец, служилые казаки.
Но пока вроде бы больших сил в ход пускать было незачем и воеводам предписывалось обходиться своими стрельцами, а Войску Донскому — урезонить своих казаков. 22 марта 1667 года (Крестьянская война. Т. 1. Док. 39) из Посольского приказа Яковлеву пришла грамота: «...и вы б послали от себя в Паншинской и Качалинской городки, выбрав из войск атамана и ясаула и з ними казаков добрых, чтобы они под Царицын и в иные места не ходили, и задоров никаких с царицынскими стрельцы не чинили, и стругов не имали, и ото всякого дурна и воровства велели их унять. А буде из тех казаков которые учинятца непослушны, и вы б тем за их непослушанье велели учинить наказанье по нашему великого государя указу и по войсковому праву, хто чего доведетца. А которые казаки объявятца з Дону в побеге, а перенять их буде не мочно, и вы б в те городы, которые их побегу чаять, ведомо чинили воеводам, чтоб их за посыльщиков ваших не почитали».
Но донское правительство никогда (кроме исключительных случаев) не спешило исполнять подобных просьб и на сей раз тоже палец о палец не ударило; как сообщается 13 июня в грамоте из приказа Казанского дворца астраханскому воеводе Хилкову (Крестьянская война. Т. 1. Док. 54), 3 мая Яковлев писал Унковскому, что «жили де они с азовскими людьми в миру, и за их миром хотел было их войсковой казак Стенька Разин со товарищи своровать, идти на море. И по их де отписке он с моря в больших лотках воротился и ничево не учинил, и прогребли мимо их Черкасского городка вверх по Дону. И они де, атаман и казаки, посылали за ними и их не нашли. А ведома де им в войску учинилось, что де тот Стенька Разин со товарыщи пошол на Волгу реку воровать». Это и без того уже было известно.