После Февральской революции Краснощеков, как и многие русские эмигранты, вернулся в Россию. Сразу же по прибытии во Владивосток в конце июля 1917 года он вступил в большевистскую фракцию социал-демократической партии. Вскоре на Дальнем Востоке начались бои между красными и белыми, которых поддерживали силы иностранной интервенции. Несколько раз Краснощеков находился на волосок от смерти и вскоре получил статус героя. В апреле 1920 года он провозгласил создание Дальневосточной республики, став одновременно главой ее правительства и министром иностранных дел. Во Владивостоке и позднее — после взятия города японскими войсками — в Чите он установил контакты с «дальневосточными футуристами» Асеевым, Третьяковым, Чужаком и другими, а через них — косвенно — и с Маяковским, с которым познакомился в Москве в 1921 году.
Краснощеков был человеком динамичным и целеустремленным, и его взгляды на построение нового общества радикальным образом отличались от тех, которые господствовали в Москве. Как уже упоминалось, в состав правительства Дальневосточной республики входили не только большевики, но и представители других партий и групп, в частности анархо-синдикалисты, например Билль Шатов. В США Краснощеков общался с другой анархисткой, Эммой Гольдман, тоже русской эмигранткой. Когда летом 1920 года он прибыл в Москву для того, чтобы обсудить будущее Дальневосточной республики, он отыскал Гольдман, которая незадолго до этого была выслана в Советскую Россию американскими властями. Легендарная анархистка дала следующий портрет своего коллеги из Рабочего университета и IWW:
Он приехал из Сибири в собственном железнодорожном вагоне, привез с собой многочисленный провиант, собственного повара и пригласил нас на первый настоящий пир в Москве. Краснощеков остался таким же свободным и щедрым человеком, каким был в Штатах <… >. Он уверял, что в его части России царит свобода слова и печати, так что там были все возможности для нашей [анархо] пропаганды. <…> Ему нужна была наша помощь, и мы ему доверяли <…> «А как к свободе слова и печати относится Москва?» — спросила я. Положение в этой далекой стране было иным, а у него были развязаны руки. С ним сотрудничали анархисты, эсеры и даже меньшевики, и он своей деятельностью доказывал, что свобода слова и совместные усилия дают лучший результат.
Дальневосточную республику, основанную Краснощековым в условиях политического хаоса в Сибири весной 1920 года, признали и Советская Россия, и Япония. Ленин и руководство Кремля стремились избежать столкновений на окраинах, чтобы получить возможность сосредоточить силы Красной армии в центральных частях России. Дальневосточная республика располагалась на российской территории и существовала по милости Кремля. Однако по мере того, как затихала Гражданская война, Москва начала опасаться, как бы республика не объявила о своей независимости, что для России означало бы потерю огромных территорий. Поэтому, когда недоброжелатели Краснощекова в правительстве Дальневосточной республики обвинили его в анархо-синдикалистских симпатиях и сепаратистских устремлениях, этим незамедлительно воспользовалось руководство в Кремле. Независимо от степени обоснованности предъявленных обвинений, взгляды Краснощекова на социализм действительно отличались от большевистских, и летом 1921 года его вызвали в Москву. В сентябре Краснощекова формально отстранили от должности руководителя правительства Дальневосточной республики, а в ноябре следующего года ДВР вошла в состав РСФСР.