Однако предупреждения его не всегда были услышаны. Рассказывали историю о послушнице, которая получила благословение на пострижение в монахини Шамординской обители, но в последний момент без видимой причины отказалась. Старец Анатолий, не скрывая огорчения, трижды задавал ей вопрос: «Что, приехала в монахини постригаться?» И послушница трижды отвечала: «Нет, но думаю, что слова ваши так не пройдут». Старец посмотрел на нее затуманенным взором, вздохнул и сказал: «Нет, пройдут». Так и случилось: старец вскоре умер, а послушница так и не была пострижена в монахини.
Для старца Анатолия не было чужой беды, каждую беду он принимал как свою. Если узнавал о чьем-то горе, грядущих несчастьях, у него начинались сильные головные боли и болело сердце.
Одна монахиня вспоминала: «Я, поступив в монастырь, заболела. Мне было пятнадцать лет, доктора нашли у меня порок сердца и горловую чахотку и сказали, что я скоро умру, но мне не хотелось умирать. Батюшка сказал мне: „Читай, как можешь – и сидя, и лежа, молитву Иисусову и все пройдет". Так я и сделала, и за святыми его молитвами выздоровела. С тех пор прошло двадцать три года. Я живу и послушание несу по силам, и делаю все для себя, хотя и не имею большого здоровья, а прежде не могла и по келье ходить».
Старец Анатолий был очень любим мирянами. Кто хотя бы однажды побывал у него в келье, искал его советов в дальнейшей жизни. Ежедневно старцу Анатолию приходило до двухсот писем. И на все письма он старался отвечать незамедлительно.
О великой силе молитвы старца Анатолия свидетельствовал старец Амвросий: «Ему такая дана молитва и благодать, какая единому из тысячи дается». Сам старец Анатолий говорил о том, что истинная молитва должна рождаться не под впечатлением хорошего чтения и пения, а быть плодом великого труда и любви к Богу.
Тяжелым ударом для старца Анатолия стала кончина старца Амвросия, последовавшая 10 октября 1891 года. Она подорвала здоровье старца Анатолия. Он чувствовал себя осиротевшим. Приближение заката собственной жизни стало для него очевидным. Началась изнурительная болезнь.
Тем не менее, в 1892 году он сумел съездить в Петербург и Кронштадт, где встретился с отцом Иоанном Кронштадтским. Оба старца сразу почувствовали друг к другу симпатию и взаимное уважение.
10 октября старец Анатолий вместе с отцом Иоанном Кронштадтским отслужили литургию в память старца Амвросия, после чего старец Анатолий имел длительную беседу с отцом Иоанном. Со слов оптинского старца Варсонофия, отец Иоанн Кронштадтский, когда началась литургия, ясно увидел, что со старцем Анатолием правят службу два ангела.
Болезнь не отпускала старца Анатолия. Приглашенные к нему в Оптину пустынь столичные врачи единодушно констатировали диагноз – отек легких, и прогноз – болезнь приняла необратимый характер.
Старец Анатолий угасал, но болезнь переносил кротко и смиренно. 15 декабря 1893 года старец тайно был пострижен в схиму, а через сорок дней, 25 января 1894 года, мирно почил во время чтения отходной.
Старец Анатолий был похоронен у стен Введенского собора рядом с любимыми и чтимыми им учителями и наставниками.