Однажды Оптину пустынь посетил будущий святитель Игнатий Брянчанинов. Он выразил желание побеседовать с кем-нибудь, кто проходил святоотеческое учение о молитве Иисусовой. Оптинские старцы направили к нему послушника Алексея. Игнатий долго беседовал с послушником, а закончив беседу, выразил удивление и с уважением сказал, что рад встретить такого образованного и опытного в духовных предметах инока, да еще и хорошо знакомого со светскими науками.
Счастливый послушник чуть ли не бегом отправился в скит к старцу и на полдороге встретил его в окружении множества народа. Находясь под сильным впечатлением от беседы и оценки отцом Игнатием его прилежания, Алексей по простоте душевной взахлеб пересказал старцу Макарию все только что слышанные похвалы, не замечая, как грозно хмурятся у того брови. Дождавшись паузы, взятой Алексеем, чтобы набрать в грудь побольше воздуха перед новой тирадой, старец Макарий при всех разбранил послушника, а напоследок добавил:
– И ты вообразил о себе, что такой умный! Ведь преосвященный – аристократ, на комплиментах вырос, он из любезности сказал тебе так, а ты уши и развесил, думая, что это правда!
Пристыженный Алексей отправился в свою келью, а старец Макарий сказал окружающим:
– Ведь вот как не пробрать? Он монах внимательный, умный, образованный, уважаемый людьми. Долго ли загордиться?
Кстати, почетный гость расхваливал своего собеседника и старцам, пославшим к нему послушника.
Когда старец Макарий уезжал по делам из обители либо был занят неотложными делами, он благословлял послушника Алексея ходить за разрешением духовных вопросов к старцу Амвросию.
17 ноября 1862 года послушник Алексей был пострижен в монахи с именем Анатолий. К этому времени старец Макарий умер, и отец Анатолий был на послушании у старца Амвросия. После смерти старца Макария старец Амвросий и отец Анатолий особенно сблизились, поскольку оба потеряли любимого старца и духовного наставника.
Старец Амвросий стал поручать отцу Анатолию посещать монастырскую гостиницу, чтобы утешать скорбящих. Мудрый старец Амвросий видел, что отец Анатолий духовно готов наставлять других. Постепенно старец Амвросий стал вводить отца Анатолия в курс старческого служения, видя в нем своего ближайшего сотрудника и первейшего помощника.
В 1870 году отец Анатолий был рукоположен в сан иеромонаха, а в следующем году по утверждению Святейшего Синода был определен на должность настоятеля Спасо-Орловского мужского монастыря с возведением в сан архимандрита. Это была блестящая церковная карьера, но отец Анатолий отказался от почетной должности из любви к Оптиной пустыни и старцу Амвросию.
Старец Амвросий назначил его благочинным скита, а в 1874 году за послушание старцу Амвросию отец Анатолий принял должность начальника скита. Старец Амвросий поручил ему также и попечительство своим любимым детищем – новосозданной Шамординской женской обителью.
Игуменья София, первая настоятельница Шамординского монастыря, была особо расположена к отцу Анатолию. Старца Амвросия она называла «великим», а отца Анатолия – «наш апостол». Большинство сестер Шамординской обители старец Амвросий поручил своему помощнику, и отец Анатолий стал духовником-утешителем монахинь Шамординского монастыря.
Отец Анатолий всегда переживал за всех, кто нуждался в его утешении, наставлении, совете. Особенно он любил детей, и когда в Шамордине организовали приют, отец Анатолий, несмотря на большую занятость, стал усердным попечителем приюта. Дети его обожали. Он имел на них огромное нравственное влияние. Дети доверяли ему и были с ним откровенны настолько, что если после исповеди кто-то из них вспоминал какой-нибудь грех, о котором забыл рассказать отцу Анатолию, то сразу писал ему письмо. Разумеется, отец Анатолий всегда отвечал на письма, давая наставления ребенку.
Монастырская жизнь очень трудна, особенно для женщин. Многие из сестер Шамординского монастыря остались в обители только благодаря непрестанной заботе, влиянию и утешению отца Анатолия. Двадцать один год был отец Анатолий им духовным отцом. Он поучал и наставлял их, но первым его вопросом всегда оставалось: «У тебя все есть?» Неудивительно, что сестры относились к нему так, как не к каждому родному отцу относятся. Старец Амвросий говорил сестрам Шамординской обители: «Я редко с вами беседую потому, что я за вас спокоен: вы с отцом Анатолием».
Старец Анатолий был наделен даром прозорливости и духовного исцеления, ему были открыты судьбы его духовных детей. Предвидя близкую кончину кого-то из них, тяжелую болезнь либо суровые житейские испытания, он очень осторожно и деликатно предупреждал о грядущих несчастьях, старался подготовить к ним, укрепить дух. Он внушал принимать с покорностью любые ниспосланные испытания.