Еще 1 августа Военный совет Северо-Кавказского фронта вынужден был поставить задачу вывести все корабли, суда и плавсредства из Азовского моря в Черное. Прорыв осуществлялся в темное время суток по 15–30 вымпелов в сопровождении катеров-тральщиков и катеров МО под прикрытием береговых батарей Керченской ВМБ и авиации ЧФ и Азовской военной флотилии. С 3 по 23 августа Керченский пролив пересекли 122 гражданских судна и 41 боевой корабль. Часть транспорта и плавсредств пришлось затопить.
5–11 августа эвакуируется Приморско-Ахтарская база Азовской флотилии.
9 августа сформирована Темрюкская военно-морская база (командир — контр-адмирал С.Ф. Белоусов). Части гарнизона Темрюк насчитывали более 2000 морских пехотинцев, 52 орудия береговой и зенитной артиллерии, с моря их поддерживали корабли.
17 августа 1942 г., согласно приказу командующего Северо-Кавказским фронтом, создан Новороссийский оборонительный район (НОР) под командованием генерал-майора Г.П. Котова. Заместителем командующего по морской части назначен контр-адмирал С.Г. Горшков. В составе НОРа войска 47-й армии, 56-я армия, 216-я стрелковая дивизия, корабли и части Азовской военной флотилии, Новороссийской, Керченской, Темрюкской военно-морских баз и сводная авиагруппа.
Спасая ситуацию, Ставка в который раз корректировала силы, меняя состав и названия. 1 сентября 1942 г. директивой Ставки войска Северо-Кавказского фронта преобразованы в Черноморскую группу войск Закавказского фронта под командованием генерал-полковника Я.Т. Черевиченко, а с 16 октября — генерал-лейтенанта И.Е. Петрова. Фронту в оперативном отношении подчинялся и Черноморский флот. Командование НОРа и Новороссийской ВМБ (командир — капитан 1-го ранга Г.Н. Холостяков; впоследствии вице-адмирал, Герой Советского Союза; трагически погибнет на 82-м году жизни вместе с женой от рук разбойников, позарившихся на его военные награды) в помощь сухопутным войскам формировали новые части. Так, в период с 1 по 6 сентября были сформированы два батальона морской пехоты по 1500 человек, влившиеся в 83-ю отдельную морскую бригаду. А прибывшие из Поти и Туапсе 15-й, 16-й и 17-й батальоны морской пехоты по 3500 человек вошли в состав 200-го морского полка. Эвакуированные с Тамани в Новороссийск составили 2-ю бригаду морской пехоты четырехбатальонного состава.
2 сентября противник начал операцию под названием «Блюхер-Ii» по высадке на Таманский полуостров 46-й немецкой и 19-й румынской пехотных дивизий. Защитников полуострова поддерживали морские пехотинцы, канонерские лодки «Ростов-Дон», «Октябрь», плавбатареи № 4 и № 40 катеров разных типов.
4 сентября началась эвакуация сил Керченской ВМБ. Последним 5 сентября эвакуирован 305-й отдельный батальон морской пехоты (командир — капитан-лейтенант A.C. Шерман). Вывезено всего: 5500 человек, 15 000 боеприпасов; вся материальная часть артиллерии была взорвана.
6 сентября противник сражался уже в самом Новороссийске, отрезав при этом от основных сил 47-й армии (с 8 сентября армией станет командовать генерал-майор A.A. Гречко; впоследствии дважды Герой Советского Союза, член Политбюро ЦК КПСС, министр обороны СССР, Маршал Советского Союза) 16-й, 17-й, 144-й батальоны морской пехоты (командир — капитан-лейтенант А.И. Востриков) и часть сил 103-й стрелковой бригады, сражавшейся в центре города.
6 сентября на лидере «Харьков» и эсминце «Сообразительный» предпринята попытка доставить в Новороссийск войска 137-го морского полка, — около 2500 человек. Но из-за того, что ни в пункте формирования, ни в пункте приема, т. е. в Новороссийске, для бойцов НЕ оказалось оружия, кораблям с половины пути приказали направляться в Поти.
10 сентября советские войска оставили Новороссийск. Новороссийская военно-морская база переведена в Геленджик.
В ночь на 11 сентября на восточный берег Цемесской бухты кораблями эвакуированы 2510 морских пехотинцев.
25 сентября войска 47-й армии предприняли контрудар, в котором участвовали 255-я (командир — полковник Д.В. Гордеев; впоследствии — полковник A.C. Потапов; 5500 личного состава) и 83-я (командир — подполковник М.П. Кравченко; 6000 личного состава) бригады морской пехоты; 672-й стрелковый полк (2000 личного состава) и 2-й артиллерийский дивизион 408-й стрелковой дивизии. Их поддерживали канонерская лодка «Красная Грузия» (командир — капитан 2-го ранга Г.В. Катунцевский) и авиация флота. Итог: все эти силы в 13 500 человек и плюс силы поддержки к 27 сентября смогли разгромить противника — одну 3-ю румынскую горнострелковую дивизию, насчитывающую около 8000 человек. Невелик подвиг, имея превосходство, разгромить румынское соединение (это вам не немецкая дивизия).
С 18 сентября по 31 октября советские корабли восемь раз производили огневые налеты по расположениям противника в районе Новороссийска и Анапы. В операциях участвовали сторожевой корабль «Шторм», базовые тральщики «Якорь», «Трал», «Мина», «Щит», Т-412, СКА № 019, СКА № 014, СКА № 064 и СКА № 074. ir