С 22 сентября по 22 октября самолеты авиации ВВС Черноморского флота совершили 1115 самолето-вылетов, в том числе 772 ночных.
С 15 сентября по 31 декабря береговая артиллерия НОРа произвела 720 стрельб.
23 августа Военный совет Северо-Кавказского фронта решает создать Туапсинский оборонительный район (ТОР). Командующим назначается командир Туапсинской ВМБ контр-адмирал Г.В. Жуков. ТОР был подчинен 18-й армии (командующий — генерал-лейтенант Ф.В. Камков, а с 19 октября — генерал-майор A.A. Гречко). С моря оборону ТОРа обеспечивали корабли ОВР — охраны водного района базы (всего 34 единицы).
В состав ТОРа входили 67-й горнострелковый полк, 143-й и 324-й отдельные батальоны морской пехоты. Береговая артиллерия имела в своем составе 16-ю отдельную железнодорожную батарею, 3 береговые батареи, пулеметный батальон. Позже в ее состав вошли еще 6 артиллерийских батарей, получивших 14 орудий, снятых с бывшего крейсера «Коминтерн», ставшего минным заградителем. Крейсер, получивший повреждения под ударами люфтваффе 2 июля в Новороссийске и 16 июля в Поти, был затоплен 10 октября 1942 г. в устье реки Хопи.
25 сентября противник перешел в наступление, вклинившись в оборону 18-й армии на глубину 5–10 км. Под Туапсе со 2 октября активно воевал 145-й полк морской пехоты, сформированный в Поти из личного состава кораблей Черноморской эскадры.
17 октября в Туапсе из Поти на крейсерах «Красный Крым», «Красный Кавказ», лидере «Харьков», эскадренных миноносцах «Беспощадный» и «Сообразительный», на семи транспортах и четырех тральщиках были переброшены 8-я, 9-я, 10-я гвардейские стрелковые бригады, вошедшие в состав 18-й армии. В боях принимали участие краснофлотцы: бойцы 83-й отдельной морской стрелковой бригады (командир — подполковник Ф.М. Монастырский) и 323-го отдельного батальона морской пехоты (командир — старший лейтенант И.В. Каширин).
Всего на Туапсинском направлении действовало более 10 000 моряков. В течение обороны Туапсе, с 25 сентября по 20 декабря, флот обеспечил доставку более 70 000 солдат и офицеров, 80 000 тонн различных грузов, включая боеприпасы. Морская авиация за это время выполнила более 2000 вылетов.
13 декабря 1942 г. Указом Президиума Верховного Совета СССР 83-я отдельная морская стрелковая бригада и 255-я отдельная бригада морской пехоты были награждены орденом Красного Знамени, 83-й бригаде трудящиеся города Туапсе вручили Красное Знамя.
Однако летом-осенью 1942 г. боевые действия происходили и в других местах акватории Черного моря. Для действий на морских коммуникациях выходили и корабли эскадры.
В ночь на 3 августа 1942 г. крейсер «Молотов» под командованием капитана 2-го ранга М. Ф. Романова и лидер «Харьков» во главе с капитаном 3-го ранга П. И. Шевченко — под общим командованием командира бригады крейсеров контр-адмирала Н.Е. Басистого, совершали набег на Феодосию. В 17.30 они вышли из Туапсе и менее чем через 30 минут обнаружили самолет-разведчик — «рама» люфтваффе. Чтобы ввести его в заблуждение, они изменили курс. Но в 18.50 появился еще один самолет-разведчик. Тогда корабли снова резко развернулись и следовали курсом на Новороссийск до наступления темноты. Но в 20.30 они вновь развернулись на требуемый курс, однако противника обмануть не удалось. В полночь крейсер и лидер подошли к Феодосии, где их должна была ждать ПЛ «М-62». Но лодка в заданном районе отсутствовала. После уточнения своего местонахождения в 0.53 моряки крейсера обнаружили катер, а спустя две минуты по кораблям был открыт огонь с береговой батареи: снаряды семи трехорудийных залпов легли с большой точностью и некоторые из них накрыли крейсер «Молотов». С лидера «Харьков» в сторону Двуякорной бухты выпустили 60 снарядов. С крейсера огонь не открывался в связи с тем, что командир бригады крейсеров контр-адмирал Н.Е. Басистый не был уверен в точности местонахождения своего корабля. В этой обстановке он в 1.13, не выполнив боевой задачи, принимает решение отказаться от обстрела Феодосии и отдает приказ лечь на курс отхода. На отходе оба корабля постоянно подвергались атакам люфтваффе и торпедных катеров противника. К 22 часам изуродованный крейсер «Молотов» и лидер «Харьков» едва-едва добрались в Поти. В результате безграмотных действий командиров кораблей капитана 2-го ранга Романова, капитана 3-го ранга Шевченко и командира похода контр-адмирала Басистого на один год крейсер «Молотов» был выведен из строя.
1 октября сторожевой корабль «Шторм» (командир — капитан-лейтенант А.И. Несмеянов) обстрелял город и порт Анапа.
3 октября эсминцы «Бойкий» (командир — капитан 3-го ранга Г.Ф. Годлевский) и «Сообразительный» (капитан 3-го ранга С.С. Ворков, впоследствии контр-адмирал) обстреляли порт Ялта, вызвав пожар в жилых домах мирных жителей.
14 октября эсминец «Незаможник» (командир — капитан 3-го ранга П.А. Бобровников) и сторожевой корабль «Шквал» (командир — капитан-лейтенант В. Г. Бакарджиев) обстреляли Феодосийский порт.