16 июля 1788 года в адрес Самборского было отправлено письмо следующего содержания: «Ваше Высокопреподобие, Милостивый Государь! Особливая благосклонность отцу моему в бытность Вашу в селе Черкутине, равно и мне в Москве Вами оказанная, возбуждает во мне смелость просить в настоящих моих обстоятельствах Вашего вспомоществования. В бывшей Владимирской семинарии окончил я философский курс. После вакации в Суздальской должен буду вступать в богословский класс; но мне желательно, слушая богословию вместе с изучением французского языка, и математическими заняться науками, коих в семинарии не преподают. Охота к познанию сих наук убеждает меня из духовного училища перейти в Московский университет; но я уверен совершенно, что архипастырь мой сему желанию моему исполниться не дозволит. Для чего нижайше прошу Вас, Милостивый Государь, принять на себя труд попросить чрез письмо Его Преосвященство о моем увольнении. Вы тем увеличите цену Ваших ко мне благодеяний, и премного обяжете человека, который с глубочайшим к Вам высокопочитанием пребывая, за счастие себе почитает быть Вашего Высокоблагословения покорнейшим слугою бывшей Владимирской семинарии философии студент М. Сперанский».
В Московский университет Михайло так и не попал, однако и в Суздальской семинарии долго учиться ему не пришлось.
В том же году произошло событие, в корне изменившее его жизнь.
Существовавшая со времени Петра I при Александро-Невском монастыре в Санкт-Петербурге славяно-греко-латинская семинария, ничем не отличавшаяся, несмотря на свое наименование, от епархиальных семинарий, была, по ходатайству митрополита Гавриила, объединена с Новгородской семинарией и преобразована в «главную семинарию» (с 18 декабря 1797 года она стала именоваться «академией»). По указу Синода новое духовное учебное заведение призвано было готовить учителей для других семинарий, на учебу в нее должны были приниматься поэтому наиболее способные выпускники епархиальных семинарий со всей России. Вскоре из Суздаля отбыли в столицу империи два семинариста с документом, который гласил: «Объявители сего епархиальной моей семинарии студенты школ богословия Михайло Сперанский, философии Вышеславский, в исполнение присланного из Святейшего Правительствующего Синода указа, отправлены в царствующий Санкт-Петербург для продолжения учения в Санкт-Петербургской семинарии…» Внизу документа стояла подпись епископа Суздальского Виктора и дата:
Программа Санкт-Петербургской Александро-Невской семинарии была составлена с учетом рационалистического и философского духа того времени. Помимо углубленного и расширенного изучения традиционных семинарских дисциплин (теологии, метафизики, риторики и др.), она включала в себя довольно объемные курсы математики, опытной физики, механики, истории, философии. Обучавшиеся в стенах главной семинарии должны были знакомиться с новейшими философскими течениями. Однако далеко не все преподаватели семинарии имели достаточный уровень подготовки.
Преподаватель философии, например, читал лекционный курс с позиций давно отжившей свой век схоластики. С чрезвычайной надменностью он беспрестанно метал в своих слушателей тяжелые латинские афоризмы. Преподаватель древнегреческого языка Жуков постоянно твердил своим ученикам, что сам учится у лучших из них, и среди прочих называл фамилию слушателя Ивана Мартынова. После окончания учебы в Санкт-Петербургской семинарии Мартынов займет в ней должность преподавателя древнегреческого языка, сменив Жукова[24]. Был в семинарии и такой преподаватель, который заикался и потому приходил в класс крайне редко, но если приходил, то при изъяснении учебного материала стремился напустить на себя как можно больше глубокомысленности. Он заявлял, например, указывая на сочинения Феофана Прокоповича, изданные в трех больших томах и на латинском языке: «Сие море великое и пространное, но тамо и гады, им же несть числа».
К счастью для любознательных семинаристов, в их распоряжении была богатая библиотека. Сперанский имел возможность читать сочинения Вольтера, Дидро, Лейбница, Кондильяка, Ньютона, Локка и многих других популярных в ту эпоху мыслителей. Многочасовые упорные занятия науками развили его духовный мир. Он стал в ряд образованнейших людей страны.