Поступок Михаилы Сперанского не столь понятен и объясним. Закат жизни и встреча с обстоятельствами, подобными тем, с которыми столкнулся Александр Радищев (так же как и с самим этим человеком), были для 19-летнего семинариста еще далеко впереди. Далеко в будущее уходила и мода на либерализм. Она утвердится в русском обществе лишь четверть века спустя, когда обуяет молодежь стремление блеснуть, похвалиться либеральными настроениями, когда подлецом будут считать всякого лишь за то, что он не ругает существующее в России правление.
Сперанский-семинарист имел в свои юные лета то, чего другие воспитанники семинарий, как правило, в эти годы еще не имели — он обладал вполне развитым внутренним духовным миром, дававшим определенную автономность его душевным движениям, определенную независимость процессу становления его характера — духовным миром, сообщавшим ему повышенную сопротивляемость вредным воздействиям господствовавшего в семинарии морального климата. Научившийся грамоте еще в малолетстве своем и с самого начала много для своего малого возраста проводивший за чтением книг, он с годами читал все больше и больше. Если во Владимирской семинарии его самообразование являлось беспорядочным, то в Санкт-Петербурге оно приобрело характер системы: Михайло читал теперь не все подряд, но по сознательному выбору и притом приноровился делать регулярные выписки из прочитанного. Его сокурсник по Санкт-Петербургской семинарии Петр Андреевич Словцов, вспоминая впоследствии о том, как учился Сперанский, писал: «Он превосходил всех товарищей своего времени успехами в чистой математике, физике и философии и вместе с тем отличался целомудрием в мыслях, словах и чувствах. Сердце его тогда уже благоухало каким-то чистым, свежим запахом».
Свободное от учебных занятий время семинаристы проводили обыкновенно в развлечениях, среди которых главное место занимали пьянство и карты. Сперанский за время своего пребывания в семинарии заметно окреп физически: в рослом, резвом, с рыжеватой головой здоровяке, каковым стал он к своим семнадцати годам, мало кто мог узнать прежнего хилого, малоподвижного мальчика. Разве что необыкновенная белизна его лица и рук напоминала о детской его слабости. И будто стремясь наверстать упущенное в детстве, он поначалу активно включился в игры своих товарищей. Особенно много играл он в карты, увлечение которыми быстро перешло у него в настоящую страсть. Однако как только последняя вошла в противоречие с его страстью к чтению, разум и воля в нем восстали — Михайло разом прекратил играть в карты. Постепенно он отошел и от других развлечений. Возможно, именно тогда он написал в одной из своих тетрадей: «Облетев мыслию все в свете удовольствия, всегда надобно кончить тем, чтоб вздохнуть, усмехнуться и — быть добродетельным». Товарищи Михаилы сперва обижались на него за то, что он перестал вдруг разделять их вкусы и начал искать более уединения от них, но потом привыкли к его причудам. Рано проявившаяся в Сперанском способность прощать чужие недостатки, его добродушие и скромность, ласковое со всеми обращение склоняли его товарищей к примирению с ним, а его превосходный ум невольно вызывал у них уважение к нему. Живя в ладу с товарищами своими, Михайло одновременно умел ладить и с начальством, несмотря на то, что руководителям его хорошо была заметна его одаренность и самостоятельность мышления.
Когда для Сперанского подошло время окончания Санкт-Петербургской семинарии, митрополит Гавриил предложил ему остаться в ее стенах для преподавания естественно-научных дисциплин. 9 января 1792 года он отправил в Святейший Синод прошение, в котором писал: «По присланному ко мне [в] 1791 году июля от 14-го дня Ее Императорского Величества из Святейшего правительствующего Синода указу Невской семинарии математического класса учитель Никита Дмитриев произведен в парижской миссии во священника. Из обучающихся как в той, так и [в] другой семинарии больше всех успел в сем, так и в философическом классе Владимирской семинарии семинарист Михаила Сперанский, который для оного класса в Невской семинарии весьма нужен к пользе семинаристов владимирских послужить; чего ради Святейший правительствующий Синод покорно прошу помянутого Михаилу Сперанского оставить в Санкт-Петербургской епархии и семинарии».
Члены Синода ответили согласием. В результате 16 января того же года императрица Екатерина II издала Указ, которым предписала: «…Означенного семинариста Михаила Сперанского… оставить в Санкт-Петербургской семинарии и епархии дозволить».
9 мая 1792 года Сперанский был назначен на должность учителя математики Санкт-Петербургской семинарии с годовым жалованьем в 150 рублей ассигнациями. Через три месяца ему поручено было преподавать здесь также физику[25]и красноречие — к его жалованью присоединили еще 50 рублей. 7 апреля 1795 года Михайло Сперанский был определен в дополнение к прежним своим должностям еще и на место учителя философии. Одновременно он был назначен и префектом семинарии. Размер его жалованья возрос до 275 рублей.