Грустное впечатление производит приведенная записка Сперанского, особенно последние ее строки. Верховный уголовный суд еще не приступил к работе, а один из его членов, причем тот, кто хорошо знал обвиняемых, ценил их ум и образованность, кто разделял многие их идеи, уже предрешал вынесение смертного приговора и беспокоился о том, чтобы в состав суда не вошли те, кто попытается этот приговор смягчить.
В тот же день, то есть 1 июня 1826 года, император Николай подписал Манифест об учреждении Верховного уголовного суда над декабристами, указ Сенату о составе суда и утвердил ряд других документов, регламентировавших судебный процесс. В состав суда вошло 72 человека: 18 — члены Госсовета, 36 — члены Сената, 3 — члены Синода, 15 — высшие военные и гражданские чины. В числе членов Госсовета, вошедших в состав суда, были Мордвинов и Сперанский.
По решению императора Николая уголовному суду предавался 121 декабрист. На судебные заседания обвиняемые не допускались. Судьи ограничились чтением записок о «силе вины» подсудимых. Для удостоверения подлинности материалов, представленных следственным комитетом, была создана Ревизионная комиссия. В течение двух дней, 8–9 июня, она опросила всех декабристов на предмет того, подтверждают ли они свои показания, данные на следствии. В знак согласия каждый из спрашиваемых ставил свою подпись. 10 июня Верховный суд избрал комиссию «для установления разрядов степеней виновности государственных злоумышленников». В число членов Разрядной комиссии избран был и Сперанский. Председателем ее император Николай назначил графа П. А. Толстого, однако главным рычагом данного органа фактически стал Сперанский. Именно он проделал основную работу по классификации преступлений, распределению обвиняемых по разрядам, определению им наказаний и т. п.
Дочь Сперанского вспоминала впоследствии об июне 1826 года как самой тяжелой в душевной жизни ее отца поре. По ее словам, Михайло Михайлович испытывал во все время процесса над декабристами невообразимые муки сердца, глаза его источали беспросветную печаль, и часто можно было видеть, как в них стояли слезы. Он порывался несколько раз совсем оставить службу, но какая-то сила все останавливала его. Что же, можно назвать эту силу: в нем окончательно победил
Если бы в судилище над декабристами Сперанский был просто творцом юридических документов судебного процесса, его поведение не вызывало бы слишком больших нареканий. Сановники, вошедшие в состав Разрядной комиссии, не отличались умом и были на редкость жестокосердны. При таких условиях, не будь Сперанского, судебный приговор оказался бы наверняка бестолковым и жестоким. Сперанский придал приговору над декабристами более утонченный вид. А для взошедшего на эшафот и положившего голову на плаху тот, кто заточил острее топор, безусловно, великий благодетель! Но Сперанский являлся в процессе над декабристами не просто «точильщиком топора» — творцом юридических форм. Он был в этом чрезвычайно важном для императора Николая деле проводником воли его величества, причем необыкновенно умелым. Вряд ли кто другой из сановников мог бы выполнить данную роль искуснее Сперанского. Его образованность и ум позволили императору Николаю руководить действиями суда, почти целиком оставаясь в тени. Общие указания государя Сперанский умело переводил на язык конкретных инструкций. Так, он расписывал председателю суда князю Лопухину вопросы, которые тот должен был предлагать в судебных заседаниях, составлял тексты тех распоряжений, которые председатель обязан был сделать. Вся деятельность суда проходила в строгом соответствии с программой, составленной опять-таки Сперанским. В ней предусмотрено было все, вплоть до самых мелких деталей судебных заседаний. Конкретно указывалось, что, в какой день и даже какой час должен был делать суд. Когда в ходе процесса возникали ситуации, не предусмотренные предварительными инструкциями, Сперанский немедленно брался составлять для председателя суда указания по их разрешению.
С 28 июня в работе Верховного уголовного суда начинался новый этап, на котором предстояло определить обвиняемым конкретные наказания и составить приговоры. И на этом этапе, когда уж все, казалось, было ясно, когда в распоряжении членов суда имелось донесение Разрядной комиссии и тому подобное, председатель суда не остался без дополнительных инструкций. 27 июня князь П. В. Лопухин получил от Сперанского следующую записку: «Завтра начнутся заседания суда. Дозвольте мне завтра утром в 8 часов быть у вас, чтобы представить вам словесно все нужные по сему предмету объяснения».