Безусловно, Сперанский был необходим императору Николаю (и не только для работы в Верховном уголовном суде), ибо в распоряжении нового императора не было людей, более подготовленных для выполнения работы по организации судебного процесса над декабристами. Но думается, главным все же было не это. Сколь бы искусным юристом ни был Сперанский, привлечение его Николаем I к разработке процедуры такого ответственного для всего императорского дома мероприятия, как суд над дворянами-революционерами, стало возможным прежде всего потому, что следственной комиссии, а затем и Бенкендорфу не удалось обнаружить по-настоящему серьезных фактов его участия в декабристском заговоре. То, что показали на следствии декабристы, могло порождать лишь неясные догадки, подозрение о причастности Сперанского к их выступлению 14 декабря, но сколько-нибудь твердого вывода на сей счет собранные следствием материалы сделать не позволяли.
В 1839 году император Николай говорил М.А.Корфу: «Сперанского не все понимали и не все довольно умели ценить; сперва и я сам, может быть, больше всех, был виноват против него в этом отношении. Мне столько было наговорено о его либеральных идеях; клевета коснулась его даже и по случаю истории 14-го декабря! Но потом все эти обвинения рассыпались как пыль. Я нашел в нем самого верного, преданного и ревностного слугу, с огромными сведениями, с огромною опытностию». Верх преданности императору Николаю и делового рвения Сперанский проявил в разработке процедуры суда над декабристами.
Когда следствие по делу дворянских революционеров стало подходить к концу, подготовка судебного процесса над ними активизировалась. К началу мая 1826 года Сперанским был написан новый проект Манифеста о Верховном уголовном суде. Тогда же Михайло Михайлович составил и проект указа Сенату о составе суда, «Дополнительные статьи обряда в заседаниях Верховного уголовного суда», приложения к последним и ряд других документов. Разрабатывая порядок деятельности Верховного уголовного суда, он тщательно изучил материалы политических процессов времен Екатерины II: по делу Мировича (1764 года), делу Пугачева (1775 года), делу о Московском бунте (1771 года). Вместе с тем целый ряд норм Сперанский разработал сам, независимо от предшествующего опыта, ориентируясь исключительно на главную цель затеянного императором судилища — строгое наказание выступивших против самодержавия дворян.
В середине мая государь ознакомился с созданными Сперанским документами и одобрил их. 30 мая следствие по делу декабристов завершилось. Составленное по его материалам «Донесение» было зачитано на специальном заседании Следственного комитета императору Николаю и приглашенным для прослушивания некоторым высшим сановникам. Среди последних был и Сперанский. Утром 1 июня в доме князя А. Б. Куракина состоялось совещание главных действующих лиц судилища над декабристами. В нем участвовали будущий председатель Верховного уголовного суда князь П. В. Лопухин, его заместитель князь А. Б. Куракин, министр юстиции Д. И. Лобанов-Ростовский и М. М. Сперанский. Михайло Михайлович ознакомил собравшихся с бумагами по Верховному суду. Сразу после совещания им был написан отчет.
Считаю нужным дать краткий отчет в совещании, бывшем с председателями и с министром юстиции по бумагам о Верховном суде… Кн. Алексей Борисович в особенности предлагал, не будет ли признано за благо умножить число духовных членов архиереями, прибывшими сюда на погребение (императрицы Елисаветы Алексеевны. — В. Т.). Мысль сия имеет свои удобства и неудобства: удобство то, что в каждом из трех отделений ревизионной комиссии могла бы находиться одна духовная особа, чего при настоящем числе синодских членов, коих только три, сделать невозможно. Неудобство же, что
1) прежде сего не бывало, всегда Синод один был приглашаем;
2) что сим умножится число членов, кои в окончательном приговоре, по сану их, от смертной казни отрекутся.