Ввиду такого соотношения сил было совершенно исключено, чтобы территория, зависящая от франкского короля или принадлежавшая его королевству, могла бы снова отделиться. Поэтому баварский герцог Тассило с самого начала переоценил свои возможности, предприняв попытку отделиться. К тому же этим он ставил себя вне закона, так как с 757 г. (то есть со времен Пипина) был вассалом франкского короля. Сами баварцы уже давно попали под франкское влияние, среди феодалов и особенно в баварской церкви были силы, поддерживающие тесные отношения с франкским королевством. Пока лангобардский король Дезидерий, тесть Тассило, был у власти, Тассило мог искать у него поддержки и этим создавать противовес франкскому влиянию. Но с 774, несчастливого для лангобардов года, этой возможности уже не было, и Тассило, который даже не осмелился прийти на помощь своему тестю, не мог бросить вызов франкскому королю, открыто нарушив вассальный долг. Так в 778 г. он в помощь Карлу послал в Испанию баварский отряд и таким образом сохранил свободу действий внутри страны, воспользовавшись тем обстоятельством, что Карл был занят саксонской войной. Благодаря поощрению миссионерской деятельности Тассило удалось укрепить свое положение и расширить свою власть. По-видимому, успехи вдохновили его проявить большую самостоятельность. Правда, он снова перешел на примирительную позицию, когда Карл пригласил его в 781 г. на Королевскую Курию в Вормсе. Он повторил свою присягу, но если франкские источники, на которые мы опираемся, не лгут, он вовсе не изменил своего поведения. Хотя подробности нам неизвестны, ясно одно: отношения между Карлом и Тассило остались напряженными и даже ухудшились. Карл никогда не доверял баварскому герцогу, занимавшему в его королевстве особое положение, да еще и бывшему в родстве со свергнутым лангобардским королем и с враждебно настроенным к франкам герцогом Арихизом Беневентским. Когда Карл в 787 г. в период саксонского перемирия принял решительные меры против Арихиза (через год после того как прекратились баварско-франкские сражения у Бозена), Тассило имел все основания опасаться за свое положение. Поэтому он обратился к папе с просьбой о посредничестве, но добился лишь недвусмысленного напоминания о клятве, которую он дал Пипину и Карлу.
После покорения Беневенто Карл Великий направился в Баварию, чтобы прояснить там обстановку. Когда Тассило не явился по его вызову, он с тремя войсковыми соединениями с севера, востока и юга вошел в Баварию. Это была безвыходная для герцога ситуация, тем более, что его собственные войска перешли на сторону франков. Тассило сдался, это еще раз спасло ему герцогство, правда, при одном условии: после того как он символически вернул («поручил») свои владения в виде увенчанного орлом жезла, он снова произнес вассальную клятву и отныне правил ими как королевским леном. Таким образом, он был связан с королем не только как вассал, но и как ленник.
С учетом ситуации Тассило мог бы быть доволен таким решением. Но этого не случилось. Он поставил на карту свою власть по своей же собственной глупости. Подстрекаемый женой, дочерью Дезидерия, он не только позволил себе оскорбительные высказывания в адрес своего сюзерена, но и установил контакт с аварами (с которыми он прежде воевал), чтобы любой ценой освободиться от навязанных ему обязательств. Вместо освобождения он добился своей гибели.
Карл начал действовать еще до того, как Тассило смог реализовать свой план. В 788 г. на королевском совете в Ингельгейме он предал Тассило суду, на который герцог был доставлен уже как пленник. Обвиненный своими же собственными баварскими вельможами, он был осужден вместе с женой за нарушение клятвы, за подстрекательство к отколу от короля и за сговор с аварскими врагами королевства. Обвинения, конечно, соответствовали действительности, так как начавшиеся вскоре нападения аваров, явно были связаны с заговором Тассило. Судьями были саксонские, франкские и баварские феодалы; они приговорили его к смерти. Карл заменил казнь на пожизненное содержание в монастыре. Примечательно то, что приговор, как можно было ожидать, основывался не на свежих фактах нарушения клятвы и договора, а на давно минувшем поступке: на дезертирстве, которое совершил Тассило в 763 году в Аквитании. Смещение акцентов столь же удивительно, сколь и непонятно. Но так как речь шла об обычном судопроизводстве, можно предположить, что определяющим моментом для такой мотивировки был труднодоступный современному мышлению формализм средневекового процессуального права. Как бы то ни было, Тассило на законных основаниях потерял свое герцогство. С ним закончилась власть над Баварией его рода Агилофингов.
Для франкского королевства был достигнут важный результат: баварское герцогство Агилофингов было последним племенным герцогством во франкской сфере влияния. Таким образом, свержение Тассило привело не только к включению Баварии, но и к унификации структуры королевства.