Семь лет после этого молчало оружие. Карл пытался придать четкую организацию саксонской церкви. Самые перспективные миссионерские пункты, основанные на прилегающих франкских территориях, стали епископствами. Начало было положено в Бремене. Первый Бременский епископ, англосакс Виллехад, рукоположенный в сан в 787 г., прибыл из Утрехта. Уроженцем Утрехта был также Лиудгер, первый епископ Мюнстера. В Оснабрюк, ранняя история которого представляет особую проблему, прибыл епископ из Люттиха. Падерборн, который, по всей вероятности, был сделан епископством в 799 г., тоже был доверен саксонцу Хатхумару и примыкал к Вюрцбургу, Вердерн — к Оденвальдскому монастырю Аморбах, Минден — к Фульде. Бремен, Мюнстер и Оснабрюк подчинялись кельнскому епископству, Падербон, Верден и Минден — майнцскому. При Людовике Благочестивом добавились Хальберштадт и Хильдесгейм, в окрестностях которых уже в эти годы проповедовали миссионеры из Реймса и Шалона-на-Марне. Таким образом, были активизированы все прилегающие франкские территории от Нижнего Рейна до Майна для обеспечения помощи и поддержки молодой саксонской церкви.
Ее организация еще не была окончена, когда в 792 г. совершенно неожиданно саксонцы восстали, воспользовавшись отсутствием Карла, который на юго-востоке воевал с аварами. Саксонская война вступила в свою последнюю фазу. Для этой фазы характерно, что в битвах больше не участвовали все группы саксонского племени. Основным районом сопротивления теперь стали племенные округа Северной Эльбы, к которым позже присоединились соседние между Везером и Эльбой. В этом ограниченном пространстве с прежней силой разгорелись сражения, неоднократно осложненные паводками. Война снова шла с тем же чередованием франкских наступлений и саксонских мятежей. Чтобы совладать наконец с этими вечными беспорядками, Карл прибегнул к радикальному средству: массовой депортации. Согласно Эйнгарду, 10 000 саксонцев в принудительном порядке покинули родину и были расселены в различных районах франкского королевства. Их земельная собственность была или конфискована, или отдана приверженцам короля. Эта мера, которая омрачает образ Карла в наших глазах, должна оцениваться с учетом того, что более двух десятилетий длилась ожесточенная борьба, прежде чем король применил это последнее средство. Но еще важнее то, что он им и ограничился. Карл за одним-единственным исключением — кровавой бойни в Вердене — проявлял только вызванную необходимостью суровость. Последняя фаза войны характеризовалась не только принудительным переселением саксонцев, но и улучшением их правового статуса. Когда Карл со всей строгостью подавлял последнее сопротивление саксонцев, он одновременно все больше уравнивал их в правах с франками. После того как Алкуин уже несколько лет ратовал за более мягкое обращение с саксонцами, в 797 г. «Capitulatio in partibus Saxoniae» была заменена новым законом, так называемым «Capitulatio Saxonicum». Этот закон во многих случаях вместо смертной казни предусматривал денежный штраф и кроме того, был издан не в одностороннем порядке самим королем, а утвержден на Королевской Курии с согласия франков и саксонцев. Это было лишь промежуточное решение, за рамки которого Карл вышел через пять лет (снова на Королевской Курии в Аахене), дав указание задокументировать саксонское народное право. Франкский король признал древнее право саксонцев, которое было кодифицировано и приспособлено к изменившимся отношениям. В 802 г. их официальный статус был приравнен к франкскому, и они стали полномочными подданными Карла.
Этот факт тем более примечателен, что к тому времени борьба франков и саксонцев еще не была закончена. Карл, как истинный государственный деятель, еще во время войны думал о мире и шаг за шагом его подготавливал. Ему содействовало более молодое, уставшее от бесконечных войн и уже христианизированное поколение.
Война постепенно угасала. Примечательно, что срок ее окончания до сих пор оспаривается в научных исследованиях. Кажется противоречивым, что, с одной стороны, в 803 г. в Зальце на франкской Заале был заключен мир, а с другой стороны, Карл Великий в 804 г. предпринял поход на Северную Эльбу, который повлек за собой еще одну большую депортацию. Это противоречие нельзя разрешить, подвергнув сомнению Зальцский мир. Хотя о нем известно из источников более позднего времени, они базируются на достоверных сведениях. Дело в том, что последний поход касался только племенных округов Северной Эльбы, которые, как это было недавно обнаружено, Карл не включил во франкское объединенное королевство. Значит, если был заключен настоящий мир (в пользу чего говорят многочисленные факты), то он касался только больших племенных групп вестфальцев, энгров и остфальцев.