Три года прожил он с семьей в столице рейха. Затем получил назначение штурманом на легкий крейсер «Нимфа», который был флагманским кораблем командующего военно-морской базой на Балтийском море. Командиром был настоящий ас кораблевождения тогдашнего рейхсфлота капитан первого ранга Конрад. В эти годы, как вспоминал Дёниц, шли особенно оживленные дискуссии о причинах, которые вызвали мятеж на флоте в 1918 году, имевший тяжелые последствия. Высказывались суждения о том, как можно улучшить так называемое «внутреннее руководство» применительно к новым условиям и что же было с самого начала не так в кайзеровском офицерском корпусе. Дёниц всегда был убежден, что для того, чтобы поднять дух личного состава, решающее значение имеет тесная духовная связь между офицерами и матросами, спаянность экипажа, чтобы офицеры были не «над», а «рядом» с командой, чтобы было чувство локтя, чтобы матросы понимали мысли командиров и сознательно выполняли их приказы. Это были те принципы, руководствуясь которыми он потом строил подводный военно-морской флот и командовал им, а позднее, с 1943 по 1945 годы, возглавил все военно-морские силы. Соблюдался также принцип безусловного сохранения лояльности по отношению к правительству. Не должен рядовой состав и, конечно же, офицерский корпус критиковать постановления правительства или выступать против них. Никогда больше нельзя допустить еще один мятеж, еще один капповский путч.
После службы на «Нимфе» Дёниц был назначен командиром 4-й полу флотилией 1-го дивизиона миноносцев в Северном море. Но служба с этими «морскими гусарами», взращенными знаменитым гросс-адмиралом фон Тирпицем, возглавлявшим военно-морское ведомство рейха, была не в характере Дёница. Служба в министерстве вооруженных сил или на крейсерах была ему ближе. Но вряд ли все это могло в полной мере доставить удовлетворение этому высокоодаренному и честолюбивому морскому офицеру.
С октября 1930 года по сентябрь 1934-го, в годы решительных перемен в Германии, будучи в звании капитана третьего ранга, он исполнял обязанности первого офицера в главном морском штабе военно-морской базы Вильгельмсхафен на Северном море, в этом старом морском «городе на отмели» времен кайзеровского военно-морского флота. Командовал военно-морской базой сначала вице-адмирал Тилессен, начальником штаба был капитан первого ранга Вильгельм Канарис, личность которого как в старом, кайзеровском военно-морском флоте, так и в рейхсфлоте вызывала разногласия и которого презрительно называли «левантинец» (от итальянского levante — общее название стран, прилегающих к восточной части Средиземного моря.