Несколько сотен новгородских семей были вывезены из города и поселены в других русских городах, в частности в Москве (считается, что именно они принесли в Москву название своей родной улицы – Лубянка). А на их место поселили москвичей и жителей других городов Московского княжества. В 1485 году после двухдневного сопротивления сдалась войскам великого князя былая соперница Москвы – Тверь, и большинство тверского боярства перешло на московскую службу.
В 1489 году к Русскому государству были присоединены и важные, в промысловом отношении, Вятка и Удмуртский край. Вместе с северными владениями Новгорода и Вятской землей в состав Российского государства вошли и нерусские народы севера и северо-востока.
В 1494 году между Российским государством и Великим княжеством Литовским был заключен мир, по которому Литва согласилась вернуть России земли в верховьях Оки и город Вязьму.
Мир был закреплен браком литовского князя Александра Казимировича с дочерью Ивана III Еленой, через которую Иван III в дальнейшем получал подробную информацию о внутреннем положении Великого княжества Литовского. Однако даже брачные связи не спасли Москву от войны с Литвой (1500-1503), закончившейся поражением литовских войск.
К Москве после войны отошли верхнее течение Оки, земли по берегам Десны с ее притоками, часть верхнего течения Днепра, города Чернигов, Брянск, Рыльск, Путивль – всего 25 городов и 70 волостей.
После падения Новгорода была предопределена судьба еще одного известного и старейшего северного города – Пскова. Один из псковских летописцев горько сетовал на то, что псковичи «не умеющу своего дому строити, а градом наряжати» и что погубило Псков «у вечьи кричание».
В 1510 году, в княжение Василия III (1505-1533), Псковская республика прекратила свое существование. Это присоединение было чисто формальным актом. Псков не проявлял никакого сопротивления, поэтому все свелось к тому, что в Москву из него был увезен вечевой колокол. Кроме того, по сложившемуся обычаю 300 семей псковичей было перевезено на поселение в Москву (они поселились на улице Варварке в Зарядье), а 300 семей московских – в Псков. В 1514 году в результате очередной (третьей) войны с Литвой в состав Московского государства вошел старинный русский город Смоленск, население которого само открыло ворота московским войскам. И наконец, в 1521 году перестало существовать находившееся в вассальной зависимости от Москвы Рязанское княжество, с присоединением которого собирание русских земель вокруг Москвы было в основном завершено, хотя следы раздробленности еще долго сохранялись в политическом строе и экономической системе Руси. Результатом этого объединения стало образование огромной державы, самой крупной в Европе. С конца XV века вместо названия «Русь» стало входить в обиход новое название государства – «Россия».
Великий князь Василий III, продолжая начинания своего отца Ивана III, завершил объединение Руси вокруг Москвы. Он активно пытался овладеть Казанью. В 1523 году, во время очередного похода, на речке Суре (приток Волги), выше Казани, был выстроен город Васильсурск (город Василия на Суре), ставший русским форпостом в борьбе с Казанским ханством.
Именно в это время начинается процесс вхождения в состав России марийцев. В 1546 году в Москву прибыли их посланцы, заявив, что они готовы принять российское подданство и «государю великому князю служити». Этот процесс завершился уже после взятия Казани в 1552 году. Казанский хан Едигер-Магмет был взят в плен. Впоследствии он крестился, получил имя Симеон Касаевич, стал владельцем Звенигорода и активным союзником царя.
На службу в Москву за землями, подарками и просто милостыней двинулась бывшая татарская знать. Их было так много, и они придумывали такие слезливые истории, с тем чтобы разжалобить царя и бояр и получить побольше денег, что родилось выражение «казанская сирота».
В1556 году была присоединена Астрахань. Следом за Астраханью в состав России добровольно, «мирно по челобитью» вошли Чувашия и большая часть Башкирии (в 80-х веках был построен город Уфа).
Участник Казанского похода князь Андрей Курбский вспоминал, как радостно встречали войско Ивана Грозного коренные народы: «Егода ж переплавишаяся Суру реку, тогда и Черемиса горная, а по их Чуваша зовомые, язык (народ) особливый начата встречати по пяти сот и по тысяще, радующеся цареву пришествию». Ногайская орда также попросила принять ее в состав России. В письме к русскому царю ногайский князь Измаил жаловался: «а мы года три-четыре многими волнениями отбыли, семя животов и одежи… а наши улусы оголодали».
В 1557 году в состав России вошла Кабарда.