Отношение к дворянству было совсем иным. Борис щадил дворянскую кровь совершенно так же, как и самозванец. Крайние меры применялись лишь к немногим дворянам-перебежчикам, к лицам, захваченным на поле боя с оружием в руках, посланцам «вора», подстрекавшим народ к мятежу. Последних вешали без суда на первом попавшемся дереве.
Сыскное ведомство постоянно расширяло свою деятельность. И все же ему не удалось искоренить надежды и иллюзии, все шире распространявшиеся в обществе. Народ ждал пришествия законного «доброго» царя, и с этим ничего нельзя было поделать.
Нарастание репрессий привело к тому, что сыскное ведомство расширило свои политические функции. Сохранились сообщения о том, что глава этого ведомства Семен Годунов настаивал на казни заподозренных в измене руководителей Боярской думы. Между тем дума была высшим органом государства, а Сыскной приказ — лишь одной из ее многочисленных комиссий.
Прежде деятельный и энергичный, Борис в конце жизни все чаще устранялся от дел. Он почти не покидал дворец, и никто не мог его видеть. Прошло время, когда Годунов охотно благотворил сирым и убогим, помогал им найти справедливость и управу на сильных. Теперь он лишь по великим праздникам показывался на народе, а когда челобитчики пытались вручить ему свои жалобы, их разгоняли палками.
Фатальные неудачи порождали подозрительность, столь чуждую Борису в лучшие времена. Царь перестал доверять своим боярам, подозревал в интригах и кознях своих придворных и все чаще обращался за советами к прорицателям, астрологам, юродивым. Еще Горсей отмечал склонность Бориса к чернокнижию. Один из членов польского посольства в Москве в 1600 году писал:
Члены английского посольства, видевшие Годунова в последние месяцы его жизни, отметили многие странности в его характере. Будучи обладателем несметных сокровищ, царь стал выказывать скупость и даже скаредность в мелочах. Живя отшельником в кремлевском дворце, Борис по временам покидал хоромы, чтобы лично осмотреть, заперты ли и запечатаны ли входы в дворцовые погреба и в кладовые для съестных припасов. Скупость, по словам очевидцев, стала одной из причин утраты им популярности.
Многие признаки в поведении Годунова указывали на его преждевременно наступившее одряхление. На торжественной аудиенции во дворце в честь посла английского короля Якова I царь, говоря об умершей королеве Елизавете, ударился в слезы. В конце жизни Годунов, тревожась за будущее сына, держал его при себе безотступно,
В последние дни Годунова более всего мучили два вопроса. Твердо зная, что младший сын Грозного мертв, царь все же по временам впадал в сомнение,