Волнения в Москве нарастали с каждым днем. Следуя традиции, новый царь объявил о прощении всех преступников и опальных. Однако амнистия не распространялась на политических противников Годунова. Жители столицы не желали мириться с такой несправедливостью. Как записал очевидец,
Воеводы расставили заставы на всех дорогах и отдали приказ вешать гонцов Лжедмитрия без промедления. Тем не менее лазутчики продолжали проникать в столицу и доставлять «прелестные» листы. Царь Федор предпринимал отчаянные усилия, чтобы прекратить беспорядки в столице. Казна раздала населению огромные суммы на помин души Бориса, на самом же деле, чтобы успокоить население. Но щедрая милостыня не достигла цели. Не видя иного выхода, царица Мария и ее сын срочно вызвали из армии в Москву руководителей Боярской думы Мстиславского и братьев Шуйских. Подобная мера казалась вполне оправданной. Страх перед назревавшим выступлением низов побуждал бояр заботиться о порядке и действовать в интересах династии, невзирая на собственные политические симпатии.
Когда толпа в очередной раз заполнила площадь перед кремлевским дворцом, князь В. И. Шуйский вышел на крыльцо и долго увещевал народ одуматься и не требовать перемен, которые приведут к распаду царства и ниспровержению православия. Боярин поклялся самыми страшными клятвами, что царевича Дмитрия давно нет на свете, что он сам своими руками положил его в гроб в Угличе, а путивльский «вор» — это беглый монах и расстрига Отрепьев, подученный дьяволом и посланный в наказание за грехи. Возвращение главных бояр в Москву и речи Шуйского внесли успокоение в умы. Волнения в столице на время утихли.
Почти сразу после смерти Бориса правительство осуществило смену высшего командования в армии под Кромами. Среди Годуновых и их родни не оказалось никого, кто мог бы взять на себя руководство военными действиями, и царю Федору поневоле пришлось вверить свою судьбу людям, не связанным с династией родством. Новым главнокомандующим в армию был назначен князь Михаил Петрович Катырев-Ростовский, его помощником — боярин Петр Федорович Басманов.
Наибольшие надежды Годуновы возлагали на П. Ф. Басманова, пользовавшегося особой популярностью среди населения столицы. По словам английских современников, простой народ
Явившись в лагерь под Кромы, Катырев и Басманов привели армию к присяге. Патриарх Иов по немощи не мог покинуть Москвы, и поэтому церемонией присяги руководил новгородский митрополит Исидор — второе в церковной иерархии лицо. Полки повиновались воеводам. Но, по свидетельству русских летописей, некоторые ратные люди в общей сутолоке уклонились от церемонии крестоцелования.