Прошло полтора года после революции. Советская Россия была охвачена пламенем братоубийственной Гражданской войны и военной интервенции. Дзержинский как никто понимал, что в это тяжелое время для страны острие чекистского меча должно быть направлено на борьбу против подрывных акций противника внутри Красной Армии. Поэтому он подписывает ряд приказов об усилении аппаратов Особых отделов даже за счет сокращения и расформирования некоторых территориальных органов ВЧК. Укрепление чекистских органов в армии приобретало большое значение в условиях надвигающейся войны с белополяками.
Время для молодой Красной Армии было тяжелым. Так, штабы войск, оборонявших Пермь, оказались засоренными чуждыми элементами. Некоторые военспецы скрытно помогали врагу. В частности, они спровоцировали переход одной бригады и кавалерийского полка на сторону противника. Выяснилось, что на колчаковскую разведку работали начальник автослужбы штаба армии бывший царский полковник Каргальский и некоторые сотрудники его аппарата, а также одна из штабных машинисток. Они срывали дело снабжения и пополнения войск. Некоторые армейские части по неделе не получали продовольствия, зато в других скапливались большие запасы продуктов питания. Красноармейцы обмораживали ноги в окопах, а на армейских складах лежало 7000 пар валенок.
Начальник отдела военных сообщений армии Стогов при эвакуации Перми заполнил эшелоны всякой рухлядью, но оставил белым 20 железнодорожных составов с боеприпасами и обмундированием, не организовал вывоз из города раненых красноармейцев.
В начале 1919 года Особый отдел Реввоенсовета Туркестанской республики вместе с местной ЧК раскрыли офицерский заговор в Ташкенте. В числе его главарей были царские генералы Кондратович, Джунковский, полковник Осипов, поручик Ботта и другие. Фактически же заговором руководили и снабжали деньгами начальник английской военной миссии в Ташкенте Маккэрней и консул США Трэдуэлл. Мятежники захватили ряд правительственных учреждений, телефонно-телеграфную станцию, разоружили местную милицию. Ташкентские и армейские чекисты с оружием в руках участвовали в подавлении мятежа. Через три дня он был подавлен.
Не случайно 31 мая 1919 года за подписями председателя Совета Рабоче-Крестьянской Обороны Ленина и народного комиссара внутренних дел Дзержинского публикуется воззвание «Берегитесь шпионов!» В нем, в частности, говорилось:
«Смерть шпионам!
Наступление белогвардейцев на Петроград с очевидностью доказало, что во всей прифронтовой полосе, в каждом крупном городе у белых есть широкая организация шпионажа, предательства, взрыва мостов, устройства восстаний в тылу, убийства коммунистов и выдающихся членов рабочих организаций.
Все должны быть на посту.
Везде удвоить бдительность, обдумать и провести самым строгим образом ряд мер по выслеживанию шпионов и белых заговорщиков и по поимке их.
Железнодорожные работники и политические работники во всех без изъятия воинских частях в особенности обязаны удвоить предосторожности.
Все сознательные рабочие и крестьяне должны встать грудью на защиту Советской власти, должны подняться на борьбу со шпионами и белогвардейскими предателями. Каждый пусть будет на сторожевом посту — в непрерывной, по-военному организованной связи с комитетами партии, с ЧК, с надежнейшими и опытнейшими товарищами из советских работников».
25 апреля 1920 года польская армия предприняла наступление широким фронтом — от Припяти до Днестра. Для оказания практической помощи местным органам ЧК в организации работы в прифронтовой зоне был направлен председатель ВЧК и ее Особого отдела Ф. Э. Дзержинский, который сразу же по решению ЦК РКП(б) был назначен начальником тыла Юго-Западного фронта. Для пресечения подрывной и разведывательной деятельности польской разведки Особый отдел ВЧК создал специальные оперативно-чекистские группы во главе с особоуполномоченными ВЧК А. Х. Артузовым. Р. Я. Пилляром, Я. С. Аграновым и др.