Михаил Сергеевич родился в 1878 году в Москве в семье нотариуса. Учился на юридическом факультете МГУ, в Демидовском юридическом лицее в Ярославле. Окончил медицинский факультет Бернского университета. В мае 1917 года он становится редактором газеты «Солдатская правда». Член Компартии с 1901 года.
С ноября того же года — заместитель наркома по военным делам, комиссар по демобилизации старой армии. В мае 1918 года его направляют на север страны — в Архангельск для борьбы с контрреволюционными выступлениями в качестве командующего Северо-Восточного участка «завесы». Организованная им оборона города была не до конца продуманна, а поэтому Архангельск быстро оккупировали англичане. Прошедшая затем, по указанию Кедрова, волна репрессий против местного населения положительного эффекта не принесла. По настоянию Ленина его отзывают в Москву и назначают в ноябре 1918 года начальником военного отделения Отдела по борьбе с контрреволюцией ВЧК, а через месяц он занимает уже должность начальника Военного отдела ВЧК. С 26 декабря 1918 года до августа 1919 года — начальник Управления Особого отдела ВЧК под общим руководством члена Реввоенсовета республики С. И. Аралова. В марте он на короткое время становится членом Коллегии ВЧК. Потом его направляют для работы в Вологду, а затем особоуполномоченным ВЧК на Южном и Западном фронтах. Награжден орденом Красного Знамени.
После Гражданской войны находился на разных административных должностях. В конце тридцатых годов ушел на пенсию. В 1939 году был арестован. В июле 1941 года оправдан Военной коллегией Верховного Суда СССР, но после вынесения оправдательного приговора был расстрелян по указанию Л. П. Берии. Реабилитирован посмертно. Расстрелян был и его сын Игорь.
В штабах, созданных при отрядах «завесы», никаких органов для борьбы с саботажниками и агентурой противника не было. Бонч-Бруевич бьет тревогу и отправляет свои соображения по этому поводу Ленину. Ответ был быстр. Уже 12 мая ВВС телефонограммой № 1492/р предписал военным руководителям на местах «срочно организовать отделения по борьбе со шпионством». В июне уже формируется центральный орган — отделение, в обязанности которого также входило оперативное обслуживание штаба ВВС. Оно состояло из 24 человек. Возглавил его начальник контрразведки 10-й армии Н. Н. Брандт.
30 мая при Оперативном отделе (Опероде) Наркомата по военным делам было создано отделение Военного контроля под руководством М. Г. Тракмана.
Таким образом, летом 1918 года в Вооруженных Силах Советской республики существовало три контрразведывательных подразделения:
— Регистрационная служба Всероссийского Главного штаба;
— Отделения по борьбе со шпионажем Высшего Военного совета;
— Отделение Военного контроля Оперода Народного комиссариата по военным делам.
Каждое подразделение ВКР варилось в собственном соку, решая контрразведывательные задачи по-своему.
Нужно отметить, что сразу после революции большая часть офицеров царской армии активно включилась в борьбу против советской власти. Один за другим вскрываются заговоры и агрессивные политические союзы. В это время органы ВЧК ликвидировали «Организацию борьбы с большевиками и отправки войск Каледину», «Союз реальной помощи», «Военную лигу», «Объединенную офицерскую организацию», «Все для Родины», «Белый крест», «Черную точку», «Сокольническую военную организацию», «Орден романовцев», «Союз георгиевских кавалеров» и другие. Около 50 тысяч офицеров пошли служить в Красную Армию, но некоторые «служили» не новой власти, а адептам монархии и зарубежным центрам через посольских представителей стран Антанты.
16 июля по решению СНК создается ЧК по борьбе с контрреволюцией на Чехословацком (Восточном) фронте во главе с М. И. Лацисом. Военным контрразведчикам вменяется в обязанность вести «строгий постоянный надзор» за «различными специалистами из непролетарских рядов», работавшими в штабах, в военных и гражданских учреждениях, связанных с армией.
В октябре 1918 года ВЧК арестовала группу военспецов Морского штаба, среди которых оказались начальник морской регистрационной службы Левицкий, его помощник Сыробоярский, начальник морского Военконтроля Абрамович и ряд других лиц.
2 сентября 1918 года ВЦИК объявил страну единым военным лагерем. Высший Военный совет упразднялся, а его штаб стал называться Штабом Революционного Военного совета Республики (РВСР). Главкомом всех Вооруженных Сил Советской республики был утвержден И. И. Вацетис. В начале сентября руководители Оперода С. И. Аралов и М. Г. Тракман направили в РВСР проекты «Декрета о борьбе со шпионажем и о правах и обязанностях работников Военного контроля» и «Положение о военной контрразведке». Это был, по существу, первый нормативный акт, регламентирующий оперативную работу военных чекистов. Потом была череда притирок органов военной контрразведки под конкретную военно-политическую обстановку в стране.