Такой суд действительно состоялся. Небогатова обвиняли в невыполнении статьи 354 действующего «Морского устава» и в «преступности сдачи» броненосного отряда врагу. В соответствии с требованиями уставной статьи командир должен был продолжать бой до последней возможности.
Согласного статье 354 во избежание бесполезного кровопролития командиру разрешалось, не иначе как с согласия всех офицеров, сдать корабль, если нельзя одолеть течи и он начинает тонуть, если все средства для обороны истощены и потеря в людях столь значительна, что сопротивление совершенно невозможно, и, наконец, в случае пожара, которого нельзя погасить. При всем том сдача в таких обстоятельствах разрешалась только в том случае, если корабль нельзя истребить и искать спасения команды на берегу или в шлюпках.
Тем не менее на суде Небогатов посчитал свой поступок чуть ли не подвигом во имя спасения жизни подчиненных. Суд на заседании 11 декабря 1906 года признал виновными в преступной сдаче кораблей неприятелю и приговорил к смертной казни четырех должностных лиц: командира отряда контр-адмирала Н. И. Небогатова и трех командиров кораблей бывших капитанов 1-го ранга В. В. Смирнова с «Императора Николая I», С. П. Смирнова с «Адмирала Сенявина» и Н. Г. Лишина с «Генерал-адмирала Апраксина».
Одновременно суд ходатайствовал перед всероссийским монархом о замене смертной казни заключением в Петропавловскую крепость на 10 лет. Император Николай II, как и ожидалось, «высочайше» помиловал одних из главных виновников цусимского позора.
Между тем более чем полумиллионная русская армия с двумя тысячами артиллерийских орудий продолжала стоять в полной боевой готовности на Сыпингайских позициях. Стояла в почти полном бездействии, если не считать конного рейда генерала Мищенко во вражеский тыл, да действий команд охотников перед линией фронта. Бездействовали и японцы.
В такой обстановке состоялись переговоры в американском городе Портсмуте. Дипломатический торг продолжался две недели. Портсмутский мирный договор был подписан 23 августа 1905 года.
По нему Россия признавала за Японией преобладающие интересы в Корее, уступала ей права на аренду Квантун' с кого полуострова с Порт-Артуром и портом Дальним, передавала без оплаты южную ветку Южно-Маньчжурской железной дороги со всем имуществом.
Эта статья Портсмутского мирного договора, как и предвиделось, вызвала бурю восторга на Японских островах:
- Мы вернули себе Квантун, который принадлежит нам по праву победителя в войне с Китаем!..
Российская империя уступала Стране восходящего солнца южную часть острова Сахалин (по-японски - Кара-футо) до 50-й параллели, которая становилась линией государственной границы. Стороны обязывались взаимно не возводить на Сахалине никаких военных укреплений и обеспечивать безопасность морского плавания в проливах Лаперуза и Татарском. Стороны обменивались военнопленными.
Вопрос о выплате контрибуции российская делегация во главе с опытным дипломатом С. Ю. Витте решительно отвергла. Японской делегации, которой руководили министр иностранных дел Ютара Комара и кавалер Императорского ордена Священного Сокровища 1-й степени Таха-кира Когоро, пришлось уступить. Первоначально японская сторона требовала выплаты контрибуции в размере 1200 миллионов иен, говоря о том, что война ей обошлась в два миллиарда иен.
Как отнеслись к Портсмутскому миру русские войска в Маньчжурии? Участник Русско-японской войны Алексей Любицкий в своих воспоминаниях о ее заключительном аккорде - вести о заключении мирного договора писал следующее:
«Не могу сказать, чтобы войска были ею особенно обрадованы: ни музыки, ни криков «ура» нигде не было слышно. Все чувствовали себя неудовлетворенными, всех угнетала мысль о бесплодных трудах и жертвах, доставивших нам вместо славы чуть ли не позор.
...Мы имели полное право рассчитывать на успех. Обстоятельство это, очевидно, было принято во внимание и японцами, так как они иначе ни в коем случае не согласились бы заключить мира без получения контрибуции и со всеми другими поставленными нам условиями.
Как знать, чем бы закончилась война, если бы не было заключено Портсмутского договора?
Да и кончилась ли она. Не грозит ли она вспыхнуть снова в недалеком будущем?
Мысли эти невольно напрашиваются, вспоминая ту сдержанность японских армий и народное неудовольствие, с которыми встретила Япония условия мира...»
После подписания Портсмутского мирного договора Русско-японская война официально прекратилась. Войска Маньчжурских армий стали возвращаться в Отечество...
Генерал-квартирмейстер 3-й Маньчжурской армии не мог пожаловаться на то, что его заслуги на Русско-японской войне не отмечались. Лучшим свидетельством тому стали ордена: Святого Станислава с мечами и Святой Анны. Скажем, что для рядового армейского генерала это были достаточно высокие отличия.