Главная военная прокуратура возбудила тогда уголовное дело № 159 «О расстреле польских военнопленных из Козельского, Осташковского и Старобельского спецлагерей НКВД в апреле – мае 1940 г.».
С 17 марта 1992 по 2 августа 1993 года в соответствии с постановлением старшего военного прокурора Управления Главной военной прокуратуры работала комиссия экспертов во главе с директором Института государства и права Российской академии наук академиком Борисом Николаевичем Топорниным.
Заключение экспертов Главной военной прокуратуры гласило:
«1. Материалы следственного дела содержат убедительные доказательства наличия события преступления – массового убийства органами НКВД весной 1940 г. содержавшихся в Козельском, Старобельском и Осташковском лагерях НКВД 14.522 польских военнопленных, которые 3 апреля – 19 мая направлялись партиями к месту расстрела и были расстреляны (выстрелами в затылок) в Катынском лесу, в тюрьмах УНКВД Смоленской, Ворошиловградской и Калининской областей и захоронены в коллективных могилах в Козьих горах, с. Медное Калининской области и в лесопарковой зоне г. Харькова.
Это было установлено в ходе проводимых Главной военной прокуратурой летом 1991 г. эксгумаций…
Доказано также, что единым умыслом одновременно в тюрьмах НКВД Западной Белоруссии и Западной Украины были расстреляны 7.305 поляков, в том числе около 1.000 офицеров.
2. Расстрелы совершались на основании постановления Политбюро ЦК ВКП(б) от 5 марта 1940 г. по представлению НКВД СССР…»
Эксперты опирались на огромную работу, проведенную в местах захоронений и тщательно задокументированную, как и положено в органах прокуратуры.
Проведены были почерковедческая и криминалистическая экспертизы, которые подтвердили подлинность записки Берии на имя Сталина № 794/Б, подписей на ней Сталина, Молотова, Ворошилова, Микояна и Берии, а также выписки из постановления политбюро ЦК ВКП(б) № 13/144 от 5 марта 1940 года (см. книгу И. С. Яжборовской, А. Ю. Яблокова, В. С. Парсаданова «Катынский синдром в советско-польских и российско-польских отношениях»).
Старший следователь Главной военной прокуратуры подполковник юстиции Анатолий Юрьевич Яблоков допросил тогда и бывшего председателя КГБ Александра Николаевича Шелепина.
Яблоков оставил подробную запись беседы:
«Чтобы не столкнуться с отказом от дачи показаний, я решил договариваться о допросе не по телефону, а при личной встрече, и 9 декабря 1992 года, в 16 часов прибыл на квартиру Шелепина на улице Алексея Толстого, ныне опять Спиридоновке. Естественно, дом был элитный, оригинальной, нестандартной архитектуры. Шелепин проживал в этом доме в небольшой квартире на третьем этаже вместе с семьей своей дочери.
После выяснения цели моего визита Шелепин заявил, что ничего не знает, не помнит и, кроме того, плохо себя чувствует. Поэтому дать показаний не сможет. Пришлось сделать заявление, что уклонение от дачи показаний может серьезно сказаться на полноте следствия.
На вопрос Шелепина о том, какие конкретно вопросы меня интересуют и в каком порядке будут оформляться следственные действия, я объяснил, что планирую провести его допрос в качестве свидетеля с применением видеозаписи и предъявлением для дачи пояснений его письма Хрущеву.
Шелепин заявил, что он категорически против применения видеозаписи и звукозаписи, что он был всего три месяца в должности, когда ему подсунули эти документы, что он подписал их, практически не вникая в суть этого вопроса, и поэтому ничего не помнит.
По поводу письма он заявил, что подписал его в 1959 году, а на нем почему-то штамп ЦК КПСС 1965 года. Уцепившись за эту тему, я предложил ему дать пояснения хотя бы по поводу этого письма.
Шелепин ответил, что он даст согласие на это только при условии, если я выясню, кто готовил ему это письмо и почему оно зарегистрировано в 1965 году, если узнаю, не сохранилось ли его копии в Министерстве безопасности России (в то время так назывался КГБ) с указанием исполнителя документа, и предъявлю ему копию или подлинник письма. Он пожелал, чтобы в допросе участвовал сменивший его на посту председателя КГБ СССР В. Е. Семичастный, который проживает в том же доме. Понимая, что в случае непринятия выдвинутых условий Шелепин может уклониться от допроса под предлогом болезни, слабой памяти или любым иным способом, я был вынужден согласиться.
Готовясь к допросу Шелепина и выполняя его предварительные условия, я 10 декабря 1992 года переговорил по телефону с директором Архива Президента РФ Коротковым.