Политика Рузвельта-Трумэна вызывала критику и противодействие со стороны не только республиканцев, но и многих видных членов демократической партии из южных штатах. В Конгрессе образовалась неформальная коалиция республиканцев-противников "Нового курса", в основном из северо-западных штатов, и южных диксикратов. Они блокировали законы, предлагавшиеся сторонниками Трумэна; преодолевали его вето; подвергали нападкам его лично; предпринимали расследования деятельности его сотрудников: постоянно привлекали внимание общества к попустительству со стороны администрации Трумэна инфильтрации в федеральные структуры лиц сомнительной лояльности и подрывных элементов.
Наибольшую критику республиканцев и южных демократов вызывало руководство госдепартамента. Республиканцы утверждали, что это важнейшее правительственное учреждение США за время правления демократов наполнилось агентами международного коммунизма. Они отмечали, что программа проверки лояльности федеральных служащих, формально объявленная Трумэном в марте 1947 года, фактически не действует. В 1947 году комитет Палаты представителей по ассигнованиям изучал работу отдела безопасности госдепартамента. Рассмотрев 108 дел бывших и нынешних сотрудников госдепартамента, комитет сделал вывод: "государственный департамент не проявляет должной осмотрительности при найме персонала и недостаточно пользуется правами, данными ему поправкой Маккарэна". Конгрессмен Карл Стефан во время опроса Гамильтона Робинсона, представлявшего внешнеполитическое ведомство, сказал: "
В сложившемся в госдепартаменте положении дел республиканцы обвиняли его главу, ближайшего сотрудника президента Трумэна Дина Ачесона. К нему было много претензий.
В 1945 году Трумэн назначил Ачесона заместителем госсекретаря[144]. Вслед за этим последовали определённые перемены в аппарате госдепартамента. Ачесон поставил во главе дальневосточного отдела, вместо Дж. Грю, Дж. К. Винсента, который, вместе с Дж. П. Дэвисом и Дж. С. Сервисом, разработал план образования в Китае коалиционного (с участием коммунистов) правительства. Этот план стал основой миссии Маршалла; однако вместо коалиции получилось так, что в Китае к власти пришли коммунисты.
Далее, Ачесон нередко отменял решения собственной службы безопасности, представлявшей того или иного сотрудника к увольнению по причине "потенциального риска нелояльности". С другой стороны, как отмечал, например, Маккарти, в госдепартаменте и казначействе лица, близкие по воззрениям к коммунистам ― Халдор Хансон, Гарольд Глассер и другие ― быстро продвигались по службе.
Далее, в 1946 году госдепартамент содействовал, вопреки протестам республиканцев, предоставлению займа Англии.
Представители госдепартамента выражали чувства симпатии к Советскому Союзу ― например, 14 ноября 1945 года Ачесон принял участие в митинге в
В 1949 году Ачесон сделал всё, чтобы отклонить билль Маккарэна о срочной финансовой помощи Чан Кайши. 12 января 1950 года, уже после падения националистического Китая, Ачесон заявил: "Корея находится вне линии обороны США", что, как считали многие, подтолкнуло Северную Корею напасть через полгода на Южную.