Наиболее ожесточенный характер вооруженная борьба между белыми и красными приняла в 1919 году. В конце января 1919 года войска Дутова были вынуждены вновь покинуть Оренбург. В марте 1919 года в наступление с востока перешла 400 тысячная армия адмирала Колчака, объявившего себя «верховным правителем Российского государства». Части Дутова вошли в состав Сибирской армии адмирала Колчака в ноябре 1918 года и в 1919 года обеспечивали ее левый фланг в составе Южной армии генерала Белова. В апреле дутовцы осадили Оренбург, взяв его в полукольцо. Город защищали немногим более 8,5 тысячи человек, а участвовали в его осаде 21 тысяча. В конце апреля на помощь белым, осаждавшим Оренбург, с северо-востока выдвигается армейский корпус под командованием генерала Бакича. В нем было 4600 штыков и сабель. Но во время переправы корпуса через реку Салмыш он был наголову разбит красными полками, сформированными главным образом из оренбургских рабочих. В Салмышском бою войска красных применили фланговые контратаки и действовали уже как части регулярной армии, хорошо подготовленные и обученные.
Переход в контрнаступление войск Восточного фронта Красной армии в мае 1919 года в направлении на Уфу, а затем на Троицк ослабил давление белых на осажденный Оренбург. В июле белые сняли осаду Оренбурга и отступили на восток. Заняв Троицк, красные части отрезали Южную армию Белова от основных сил колчаковцев. В целях ее разгрома из Восточного фронта Красной армии был выделен самостоятельный Туркестанский фронт под командованием Фрунзе. К концу августа части Туркестанского фронта завершили разгром войск Белова и Дутова.
В середине сентября 1919 года дивизии и полки Туркестанского фронта, действовавшие от Оренбурга, соединились с частями Туркестанской Советской республики, наступавшими с юга. На сторону красных перешел 1-й казачий конный корпус Дутова, а затем сложили оружие два пехотных корпуса армии Белова. В результате в Оренбурге скопилось 30 тысяч пленных пехотинцев и 7 тысяч казаков, перешедших на сторону Советов.