Преследуемый Дутов с небольшим числом войск зимой ушел через казахскую степь (Голодный поход) в Семиречье, к атаману Анненкову. Анненковцы враждебно встретили отступающую Отдельную Оренбургскую армию, которую, и без того голодную и оборванную, бессовестно обирали, были даже случаи стычек с применением оружия. В марте 1920 года белые отряды Анненкова, Бакича и Дутова покинул пределы бывшей Российской Империи, перейдя китайскую границу в районе города Чугучак. В их составе границу Китайского Туркестана (Синьцзяна) пересекло до 15 тысяч солдат и офицеров и около 5 тысяч гражданских беженцев. В конце февраля 1921 года в китайском городе Суйдуне Дутова пытались похитить чекисты (ЧК — Чрезвычайная Комиссия Советской власти), но в ходе операции он был застрелен.
В конце 1919 года гражданская война в Оренбургской губернии завершилась повсеместным установлением Советской власти. Декретом Совета Народных Комиссаров (СНК) РСФСР от 10 июля 1919 года был создан Киргизский край (с 26 августа 1920 года — Киргизская Автономная Советская Социалистическая Республика). Оренбург стал ее административным центром.
С окончанием Гражданской войны лишения не закончились. Первая мировая война, иностранная интервенция и дутовщина нанесли огромный урон хозяйству губернии. Большинство предприятий бездействовало. На железной дороге валялись искалеченные паровозы и вагоны. Глубокие раны были нанесены сельскому хозяйству. Резко сократились посевные площади. Местами посевы не были убраны. Значительную часть скота истребили дутовцы. Ощущался острый недостаток топлива и продовольствия. В некоторых уездах бушевала эпидемия тифа. Из-за часто непродуманного проведения политики «военного коммунизма» в губернии вспыхнули казачьи и крестьянские антисоветские мятежи Логинова, Охранюка, Серова, которые однако были жестко подавлены.
В 1921 году страну постигла невиданная засуха, а после нее — голод. Страшный неурожай охватил Поволжье, Северный Кавказ, часть Украины и территорию бывшей Оренбургской губернии. В последней было собрано всего около 1 миллиона пудов зерна, в то время как для питания населения требовалось свыше 3 миллионов, а с учетом зерна, необходимого для засев, — 7 миллионов пудов.