Однако факты показывают, что все происходило без вмешательства высших сил и захват архипелага готовился еще до озарения набожного президента. Ну и, разумеется, ему следовало бы знать, что жители островов были христианизированы задолго до испано-американской войны.
По условиям Парижского мирного договора, подписанного 1 декабря 1898 г., Испания «уступала» архипелаг Соединенным Штатам за 20 млн. долл. На переговорах между представителями филиппинского революционного правительства и американцами последние заявили, что суверенитет над островами, ранее принадлежавший Испании, теперь перешел к США. Филиппинцы справедливо указывали, что суверенитет страны неотчуждаем и принадлежит народу.
В американском сенате, где довольно сильны были противники колониалистской политики, возникли трудности с ратификацией Парижского договора. Маккинли нужно было как-то воздействовать на колеблющихся сенаторов, и случай скоро представился. Дело в том, что многим филиппинцам уже стали ясны намерения США захватить архипелаг, и между американскими и филиппинскими солдатами постоянно возникали недоразумения. Пока оружие не пускалось в ход, но достаточно было любого повода, чтобы начались военные действия.
Вечером 4 февраля 1899 г. американский патруль встретил около своих позиций четырех филиппинцев. Командир патруля Грэйсон приказал им остановиться, крикнув «Холт!» («Стой!»). Не знавшие английского языка филиппинцы дружелюбно повторили слова команды и продолжали идти навстречу патрулю. «Холт!» — еще раз крикнул Грэйсон. «Холт!» — отозвались те. Тогда Грэйсон открыл огонь, и трое филиппинцев были убиты. Спустя некоторое время солдаты революционной армии открыли ответный огонь. Наутро генерал Артур Макартур отдал приказ о наступлении на их позиции. Никакого расследования не производилось. Агинальдо предложил разобраться в происшедшем, но генерал Отис возразил: «Борьба, раз начавшись, должна вестись до конца». Так была развязана филиппино-американская война, на которую Р. Киплинг откликнулся известным стихотворением о «бремени белого человека». В сенате Маккинли зачитал телеграмму о случившемся и добился ратификации Парижского договора.
Под давлением превосходящих сил противника филиппинцы отступали. Уже в марте они оставили столицу молодой республики город Малолос. Многие деятели революции отказались от дальнейшей борьбы и вернулись в Манилу, признав власть американцев. Однако военное покорение архипелага оказалось задачей нелегкой: революционные войска не желали складывать оружие. Некоторые действия Агинальдо показывают, что сам он был не против сотрудничества с завоевателями, тем не менее в глазах народа он по-прежнему оставался героем. Поэтому американцы старались устранить его и, если удастся, использовать в своих целях.
23 марта 1901 г. группа солдат оккупационной армии под видом пленных проникла в лагерь Агинальдо и схватила его. 1 апреля он был доставлен в Манилу, 19 апреля принял присягу на верность США и обратился с воззванием к народу. В нем говорилось: «По зрелом размышлении я решительно заявляю перед миром, что не могу не внять голосу народа, требующего мира, и жалобам тысяч семейств, стремящихся, чтобы их близкие воспользовались свободой и обещанной щедростью великой североамериканской нации». На этом карьера Агинальдо фактически закончилась. Он жил еще очень долго (умер в 1964 г. в возрасте 94 лет) и последние годы был на пенсии, хотя его возили на все торжества: дряхлый, не передвигавшийся без посторонней помощи человек символизировал «преемственность в осуществлении идеалов независимости».
Вооруженная борьба молодой республики с одной из сильнейших капиталистических держав завершилась победой колонизаторов. Относительно быстрое покорение архипелага следует приписать не только военному превосходству США (фактически филиппинцы сражались ножами и копьями против винтовок), по и политике, направленной на привлечение местной верхушки. В этом американцы не повторили испанцев.